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Here is a list of all variables with links to the classes they belong to:
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D
E
F
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H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
- o -
obs_cvs_ :
PLMD::opes::OPESexpanded
obs_steps_ :
PLMD::opes::OPESexpanded
observable_freq_ :
PLMD::fisst::FISST
observable_weight_ :
PLMD::fisst::FISST
occupancies :
PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
occupancy :
PLMD::molfile::molfile_atom_t
,
PLMD::PDB
of :
PLMD::generic::DumpAtoms
,
PLMD::generic::DumpDerivatives
,
PLMD::generic::DumpForces
,
PLMD::generic::DumpProjections
,
PLMD::gridtools::FindContour
,
PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar
offset :
PLMD::bias::LWalls
,
PLMD::bias::UWalls
,
PLMD::manyrestraints::LWalls
,
PLMD::manyrestraints::UWalls
offset_ :
PLMD::isdb::Metainference
,
PLMD::isdb::MetainferenceBase
offset_c_ :
PLMD::s2cm::S2ContactModel
offset_max_ :
PLMD::isdb::Metainference
,
PLMD::isdb::MetainferenceBase
offset_min_ :
PLMD::isdb::Metainference
,
PLMD::isdb::MetainferenceBase
offset_mu_ :
PLMD::isdb::Metainference
,
PLMD::isdb::MetainferenceBase
offset_prior_ :
PLMD::isdb::Metainference
,
PLMD::isdb::MetainferenceBase
ofile :
PLMD::adjmat::OutputCluster
,
PLMD::analysis::Committor
,
PLMD::generic::Debug
,
PLMD::generic::Print
ofilename :
PLMD::dimred::PCA
ofmt :
PLMD::mapping::AdaptivePath
oind :
PLMD::ReferenceValuePack
oind_set :
PLMD::ReferenceValuePack
old_KDEnorm_ :
PLMD::opes::OPESmetad< mode >
oldaa :
PLMD::bias::MovingRestraint
olddpotdk :
PLMD::bias::MovingRestraint
oldf :
PLMD::bias::MovingRestraint
oldk :
PLMD::bias::MovingRestraint
oldlambda :
PLMD::bias::MaxEnt
on :
PLMD::Atoms::DomainDecomposition
,
PLMD::generic::UpdateIf
one_minus_weight_decay_ :
PLMD::ves::Opt_Adam
onebead :
PLMD::isdb::SAXS
oneD_pmf :
PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
ONEOVERS2C2CUTOFF :
PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP
,
PLMD::membranefusion::memFusionP
ones :
PLMD::gridtools::FindContourSurface
onoff :
PLMD::DynamicList< T >
open_file_read :
PLMD::molfile::molfile_plugin_t
open_file_write :
PLMD::molfile::molfile_plugin_t
operation :
PLMD::lepton::CompiledExpression
,
PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
operations :
PLMD::lepton::ExpressionProgram
opt :
plumed_safeptr
,
plumed_safeptr_x
opt_ :
PLMD::maze::Optimizer
opt_pntrs_ :
PLMD::maze::OptimizerBias
opt_value_ :
PLMD::maze::Optimizer
optimization_threshold_ :
PLMD::ves::VesBias
optimize_coeffs_ :
PLMD::ves::VesBias
optimized_step_ :
PLMD::isdb::Metainference
,
PLMD::isdb::MetainferenceBase
optimizer_ :
PLMD::maze::OptimizerBias
optimizer_pntr_ :
PLMD::ves::VesBias
optimizer_stride_ :
PLMD::maze::Optimizer
options :
PLMD::Action
optsigmamean_stride_ :
PLMD::isdb::Caliber
,
PLMD::isdb::Metainference
,
PLMD::isdb::MetainferenceBase
orbital_energies :
PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
orbital_ids :
PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
orient0 :
PLMD::multicolvar::NumberOfLinks
orient1 :
PLMD::multicolvar::NumberOfLinks
origin :
PLMD::molfile::molfile_volumetric_t
,
PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
,
PLMD::multicolvar::VolumeAround
,
PLMD::multicolvar::VolumeCavity
,
PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder
,
PLMD::multicolvar::VolumeInSphere
,
PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
oss :
PLMD::OFile
out :
PLMD::CLToolMain
out_coupling_ :
PLMD::eds::EDS
out_observable_ :
PLMD::fisst::FISST
out_observable_name_ :
PLMD::fisst::FISST
out_restart_ :
PLMD::eds::EDS
,
PLMD::fisst::FISST
out_restart_name_ :
PLMD::eds::EDS
,
PLMD::fisst::FISST
outhills :
PLMD::function::FuncSumHills
outhisto :
PLMD::function::FuncSumHills
output :
PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
output_filename :
PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
output_fmt_ :
PLMD::ves::CoeffsBase
output_for_all_replicas :
PLMD::analysis::OutputColvarFile
,
PLMD::gridtools::GridPrintingBase
output_freq :
PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
output_of_each_layer :
PLMD::function::annfunc::ANN
output_type :
PLMD::gridtools::FourierTransform
output_xyz :
PLMD::adjmat::OutputCluster
outputForces :
PLMD::bias::Bias
ovdd_ :
PLMD::isdb::EMMI
ovfilename_ :
PLMD::isdb::EMMI
ovmd_ :
PLMD::isdb::EMMI
ovmd_ave_ :
PLMD::isdb::EMMI
ovmd_der_ :
PLMD::isdb::EMMI
ovstride_ :
PLMD::isdb::EMMI
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