Here is a list of all variables with links to the classes they belong to:

A

B

C

D

E

F

G

H

I

J

K

L

M

N

O

P

Q

R

S

T

U

V

W

X

Y

Z

- c -

• C : PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::molfile::md_box, PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• c : PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::MDAtomsTyped< T >, PLMD::SwitchingFunction
• c_aa : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• c_aa_prev : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• c_aa_succ : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• cache_set : PLMD::OpenMPVars
• cacheline_size : PLMD::OpenMPVars
• calc : PLMD::F1dim< FCLASS >
• calc2 : PLMD::F1dim< FCLASS >
• calc_data_ : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• calc_max_bias_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_rct_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_reweightfactor_ : PLMD::ves::VesBias
• calc_transition_bias_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_work_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• callstack : PLMD::Exception
• callstack_n : PLMD::Exception
• camshift : PLMD::isdb::CS2Backbone
• capacity_ : PLMD::maze::Memetic
• cargs : PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• carthessian : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• cauchy_mean_alpha_ : PLMD::maze::Memetic
• cauchy_mean_beta_ : PLMD::maze::Memetic
• cdocs : PLMD::Keywords
• cell_volume : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• cells_required : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• center : PLMD::bias::MetaD::Gaussian, PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian, PLMD::generic::FitToTemplate, PLMD::KernelFunctions, PLMD::opes::OPESmetad< mode >::kernel
• center_ : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST, PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• center_positions : PLMD::generic::FitToTemplate
• center_values_ : PLMD::eds::EDS
• centeredpos : PLMD::ReferenceValuePack
• centeredpositions : PLMD::generic::FitToTemplate
• centers_ : PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine, PLMD::ves::BF_Gaussians, PLMD::ves::TD_ExponentiallyModifiedGaussian, PLMD::ves::TD_Gaussian, PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal, PLMD::ves::TD_VonMises
• cfact_ : PLMD::isdb::EMMI
• CGOLD : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• cgtol : PLMD::dimred::ProjectNonLandmarkPoints, PLMD::dimred::SketchMapConjGrad, PLMD::dimred::SketchMapPointwise
• chain : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift, PLMD::molfile::molfile_atom_t, PLMD::PDB
• charge : PLMD::molfile::molfile_atom_t, PLMD::Units, PLMD::vatom::FixedAtom
• charge_ : PLMD::vatom::Center
• charge_types : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• charges : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::Atoms, PLMD::generic::Plumed, PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• chargesHaveBeenSet : PLMD::Atoms
• chargeString : PLMD::Units
• chargesWereSet : PLMD::ActionAtomistic
• check_nan_inf_ : PLMD::ves::BF_Custom, PLMD::ves::TargetDistribution
• check_nonnegative_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• check_normalization_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• checks_were_disabled : PLMD::ReferenceAtoms
• chemicalshifts : PLMD::isdb::CS2Backbone
• child_to_parent : PLMD::Subprocess
• children : PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• citations : PLMD::PlumedMain
• citations_fwd : PLMD::PlumedMain
• ckey : PLMD::Keywords
• cl : PLMD::Matrix< T >
• clearonnextstep : PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames
• clearstride : PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• cloned : PLMD::FileBase
• cloned_file : PLMD::generic::Read
• close_file_read : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• close_file_write : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• cltool : PLMD::PlumedMain
• cluster_sizes : PLMD::adjmat::ClusteringBase, PLMD::adjmat::OutputCluster
• clustr : PLMD::adjmat::ClusterDiameter, PLMD::adjmat::ClusterProperties, PLMD::adjmat::ClusterSize, PLMD::adjmat::OutputCluster
• cmax : PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• cmd : plumed_plumedmain_function_holder_x
• cmd_nothrow : plumed_symbol_table_type_x
• cmd_safe : plumed_symbol_table_type_x
• cmd_safe_nothrow : plumed_symbol_table_type_x
• cmin : PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• cnames : PLMD::Keywords
• co_bb : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_da : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_ring : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_sc_ : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_sphere : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_xd : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• code : plumed_error
• coding_len_ : PLMD::maze::Memetic
• coeff : PLMD::function::annfunc::ANN, PLMD::multicolvar::MultiColvarCombine
• coeff_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• coeff_poly : PLMD::crystallization::Steinhardt
• coefficient : PLMD::multicolvar::AlphaBeta
• coefficients : PLMD::function::Combine, PLMD::function::FuncPathGeneral
• coeffs_descriptions_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• coeffs_fnames : PLMD::ves::VesBias
• coeffs_id_prefix_ : PLMD::ves::VesBias
• coeffs_mask_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffs_output_fmt_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffs_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• coeffs_type_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• coeffs_wstride_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffsOFiles_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffssetid_prefix_ : PLMD::ves::Optimizer
• collectEnergy : PLMD::Atoms
• color : PLMD::adjmat::DFSClustering
• columns : PLMD::function::FuncPathGeneral
• colvar_atoms : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• com : PLMD::piv::PIV
• com_ : PLMD::maze::Random_Acceleration_MD, PLMD::maze::Steered_MD
• combinedgradient_pntrs_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• combinedgradient_wstride_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• combinedgradientOFiles_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• comm : PLMD::Action, PLMD::CLToolMain, PLMD::FileBase, PLMD::LinkCells, PLMD::NeighborList, PLMD::PlumedMain
• comm_fwd : PLMD::CLToolMain, PLMD::PlumedMain
• comm_self : PLMD::generic::Plumed
• communicator : PLMD::Communicator
• comp : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift, PLMD::multicolvar::CenterOfMultiColvar
• CompDer : PLMD::piv::PIV
• components : PLMD::colvar::Cell, PLMD::colvar::Dipole, PLMD::colvar::Distance, PLMD::function::Stats
• compos : PLMD::piv::PIV
• compute_hessian_ : PLMD::ves::VesBias
• computeRefClose : PLMD::colvar::PathMSDBase
• confined : PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• connect_id : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• CONNECTparam : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• cons_fputs : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• Const : PLMD::isdb::RDC
• const_fields : PLMD::OFile
• constant : PLMD::colvar::DHEnergy, PLMD::FileBase::FieldBase, PLMD::isdb::PRE
• constants : PLMD::lepton::CompiledExpression
• contour : PLMD::gridtools::ContourFindingBase, PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• contour_location : PLMD::Grid
• contributorsAreUnlocked : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• cooling_factor_ : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• cooling_scheme_ : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• coord : PLMD::vatom::FixedAtom, PLMD::vatom::Ghost
• coord_switch : PLMD::crystallization::SMAC
• coords : PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• correlation_ : PLMD::ves::TD_Gaussian
• count : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator, PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata, PLMD::molfile::molfile_timestep_metadata
• count_y : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• counter_ : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• coupl : PLMD::isdb::RDC
• coupling_accum_ : PLMD::eds::EDS
• coupling_rate_ : PLMD::eds::EDS
• covar2_ : PLMD::eds::EDS
• covar_ : PLMD::eds::EDS
• cPIV : PLMD::piv::PIV::SharedData
• cpositions : PLMD::RMSDCoreData
• cpositions_is_calculated : PLMD::RMSDCoreData
• cpositions_is_removed : PLMD::RMSDCoreData
• create : plumed_plumedmain_function_holder_x
• create_reference : plumed_symbol_table_type_x
• creference : PLMD::RMSDCoreData
• creference_is_calculated : PLMD::RMSDCoreData
• creference_is_removed : PLMD::RMSDCoreData
• cross : PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore, PLMD::piv::PIV
• csatoms : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• cstring : PLMD::Keywords
• cube_units : PLMD::gridtools::GridVessel
• current_avg_force_ : PLMD::fisst::FISST
• current_coupling_ : PLMD::eds::EDS
• current_stepsizes : PLMD::ves::Optimizer
• current_stride_ : PLMD::bias::MetaD
• current_value_ : PLMD::bias::PBMetaD
• currentGridPoint : PLMD::gridtools::GridVessel
• custom_lambdas_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• cutoff : PLMD::ERMSD, PLMD::HistogramBead
• cutoff2_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• cutoffwasset : PLMD::LinkCells
• cv0_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• cv_var_idx_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cv_var_lepton_refs_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cv_var_prefix_str_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cv_var_str_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cwd : PLMD::Tools::DirectoryChanger
• cweight : PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• cx : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• cycles : PLMD::Stopwatch::Watch
• cylinder_sw : PLMD::adjmat::TopologyMatrix