Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

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- t -

• t : PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Const_row, PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Row, PLMD::molfile::trx_hdr, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• tab_exp_ : PLMD::isdb::EMMI
• tag : PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• TAILS : PLMD::membranefusion::fusionPoreExpansionP, PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP, PLMD::membranefusion::memFusionP
• TAMD : PLMD::logmfd::LogMFD
• TAN : PLMD::lepton::Operation
• Tan() : PLMD::lepton::Operation::Tan
• TANH : PLMD::lepton::Operation
• Tanh() : PLMD::lepton::Operation::Tanh
• tanh : PLMD::SwitchingFunction
• Target() : PLMD::function::Target
• target : PLMD::function::Target, PLMD::lepton::CompiledExpression, PLMD::multicolvar::AlphaBeta, PLMD::TargetDist
• target_coupling_ : PLMD::eds::EDS
• TargetDist() : PLMD::TargetDist
• targetdist_averages_filename_ : PLMD::ves::VesBias
• targetdist_averages_output_fmt_ : PLMD::ves::Optimizer
• targetdist_averages_pntr_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• targetdist_averages_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• targetdist_averages_wstride_ : PLMD::ves::Optimizer
• targetdist_averagesOFiles_ : PLMD::ves::Optimizer
• targetdist_file_fmt_ : PLMD::ves::VesBias
• targetdist_filename_ : PLMD::ves::VesBias
• targetdist_grid_label_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• targetdist_grid_pntr_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::TargetDistribution
• targetdist_modifer_pntrs_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• targetdist_output_active_ : PLMD::ves::Optimizer
• targetdist_output_stride_ : PLMD::ves::Optimizer
• targetdist_pntr_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• targetdist_pntrs_ : PLMD::ves::VesBias
• targetdist_proj_output_active_ : PLMD::ves::Optimizer
• targetdist_proj_output_stride_ : PLMD::ves::Optimizer
• targetdist_restart_file_fmt_ : PLMD::ves::VesBias
• TargetDistAverages() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• targetDistGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• TargetDistribution() : PLMD::ves::TargetDistribution
• TargetDistType : PLMD::ves::TargetDistribution
• targetfilename_ : PLMD::bias::MetaD
• TargetGrid_ : PLMD::bias::MetaD
• targets : PLMD::DRMSD
• taskFlags : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• taskIsCurrentlyActive() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• tau : PLMD::bias::ExtendedLagrangian, PLMD::bias::MaxEnt
• td : PLMD::xdrfile::t_trnheader
• TD_Chi() : PLMD::ves::TD_Chi
• TD_ChiSquared() : PLMD::ves::TD_ChiSquared
• TD_Custom() : PLMD::ves::TD_Custom
• TD_Exponential() : PLMD::ves::TD_Exponential
• TD_ExponentiallyModifiedGaussian() : PLMD::ves::TD_ExponentiallyModifiedGaussian
• TD_Gaussian() : PLMD::ves::TD_Gaussian
• TD_GeneralizedExtremeValue() : PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• TD_GeneralizedNormal() : PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal
• TD_Grid() : PLMD::ves::TD_Grid
• TD_LinearCombination() : PLMD::ves::TD_LinearCombination
• TD_Multicanonical() : PLMD::ves::TD_Multicanonical
• TD_MultithermalMultibaric() : PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• TD_ProductCombination() : PLMD::ves::TD_ProductCombination
• TD_ProductDistribution() : PLMD::ves::TD_ProductDistribution
• TD_Uniform() : PLMD::ves::TD_Uniform
• TD_VonMises() : PLMD::ves::TD_VonMises
• TD_WellTempered() : PLMD::ves::TD_WellTempered
• temp : PLMD::bias::ABMD, PLMD::drr::UIestimator::n_matrix, PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >
• temperature : PLMD::colvar::Dimer, PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• temperHeight() : PLMD::bias::MetaD
• tempering_names_ : PLMD::bias::MetaD
• TemperingSpecs() : PLMD::bias::MetaD::TemperingSpecs
• Template() : PLMD::colvar::Template
• tend : PLMD::bias::MaxEnt
• TensorGeneric() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• test : PLMD::piv::PIV
• Tetrahedral() : PLMD::crystallization::Tetrahedral
• text : PLMD::lepton::ParseToken
• tf : PLMD::xdrfile::t_trnheader
• tg_counter_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• tg_d2V_dAlpha2_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• tg_dV_dAlpha_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• tg_stride_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• thematrix : PLMD::adjmat::Sprint
• thermostat() : PLMD::cltools::SimpleMD, PLMD::logmfd::LogMFD
• THR : PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::SAXS
• THR_BB : PLMD::isdb::SAXS
• THR_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• threadSafe() : PLMD::analysis::Histogram, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• threecells : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• thresh : PLMD::bias::ReweightWham
• threshold : PLMD::bias::MetaD::TemperingSpecs
• threshold2_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• threshold_ : PLMD::fisst::FISST, PLMD::ves::TD_Multicanonical, PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• threshold_switch : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• Ti : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• Time() : PLMD::generic::Time
• time : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::molfile::md_ts, PLMD::Units
• time_ : PLMD::ves::Opt_Adam
• time_md : PLMD::ves::CoeffsBase
• timer : PLMD::piv::PIV
• timers : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• timestep : PLMD::Atoms
• timeString : PLMD::Units
• timeval : PLMD::molfile::md_header
• TINY : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• title : PLMD::molfile::md_header, PLMD::molfile::molfile_metadata_t, PLMD::molfile::trx_hdr
• tmom : PLMD::crystallization::Steinhardt
• tmp_atoms : PLMD::MultiValue
• tmp_index : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• tmp_p : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
• tmpder : PLMD::MultiValue
• tmpforces : PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• tmpval : PLMD::MultiValue
• to : PLMD::bias::ABMD
• todoAutomatic_ : PLMD::opes::ECVlinear, PLMD::opes::ECVmultiThermal
• todoAutomatic_beta_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• todoAutomatic_pres_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• tokenize() : PLMD::lepton::Parser
• tol : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >, PLMD::dimred::SmacofMDS, PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• tolerance : PLMD::mapping::AdaptivePath, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• top_size : PLMD::molfile::trx_hdr, PLMD::xdrfile::t_trnheader
• TopologyMatrix() : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• Torsion() : PLMD::colvar::Torsion
• Torsions() : PLMD::multicolvar::Torsions
• toString() : PLMD::Keywords::KeyType, PLMD::Random
• TOT : PLMD::colvar::Gyration
• tot_prob_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• tot_size : PLMD::isdb::NOE, PLMD::isdb::PRE
• tot_work : PLMD::bias::MovingRestraint
• TOTAL : PLMD::ExchangePatterns, PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• total : PLMD::Stopwatch::Watch
• total_dist_ : PLMD::maze::Random_Acceleration_MD, PLMD::maze::Steered_MD
• total_distance_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• total_prefactor_ : PLMD::s2cm::S2ContactModel
• totalcharge : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• totalNumberOfCoeffs() : PLMD::ves::VesBias
• totalWork : PLMD::bias::MaxEnt
• totcsatoms : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• totNumECVs_ : PLMD::opes::ExpansionCVs
• TRACE : PLMD::colvar::Gyration
• trace() : PLMD::Exception
• trace_n() : PLMD::Exception
• transf_deriv_expression_ : PLMD::ves::BF_Custom
• transf_deriv_lepton_ref_ : PLMD::ves::BF_Custom
• transf_value_expression_ : PLMD::ves::BF_Custom
• transf_value_lepton_ref_ : PLMD::ves::BF_Custom
• transf_variable_str_ : PLMD::ves::BF_Custom
• TRANSFER : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• transferDataToPDB() : PLMD::analysis::DataCollectionObject
• transformBridgedDerivatives() : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• transformDerivatives() : PLMD::vesselbase::BridgeVessel, PLMD::vesselbase::Vessel
• transformed : PLMD::dimred::SketchMapBase
• transformHD() : PLMD::mapping::AdaptivePath, PLMD::mapping::Mapping, PLMD::mapping::PathBase
• transformHighDimensionalDistance() : PLMD::dimred::SketchMapBase
• transformLowDimensionalDistance() : PLMD::dimred::SketchMapBase
• transformName() : PLMD::vesselbase::Vessel
• transition_bias_ : PLMD::bias::MetaD
• transitionwells_ : PLMD::bias::MetaD
• translateArgument() : PLMD::ves::BasisFunctions
• translation : PLMD::maze::Member
• transpose : PLMD::Matrix< T >, PLMD::TensorGeneric< n, m >
• Tree() : PLMD::Tree
• triangular : PLMD::HistogramBead, PLMD::KernelFunctions
• trig_metric : PLMD::ReferenceArguments
• TrigonometricPathVessel : PLMD::mapping::Mapping, PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• trim() : PLMD::lepton::Parser, PLMD::Tools
• trimComments() : PLMD::Tools
• trimer : PLMD::colvar::Dimer
• TRP : PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::SAXS
• TRP_BB : PLMD::isdb::SAXS
• TRP_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• TRP_SC2 : PLMD::isdb::SAXS
• TRP_SC3 : PLMD::isdb::SAXS
• TRP_SC4 : PLMD::isdb::SAXS
• truncatedgaussian : PLMD::KernelFunctions
• trx : PLMD::molfile::md_file
• tstart : PLMD::bias::MaxEnt
• tt : PLMD::ReferenceConfigurationOptions
• tt_specs_ : PLMD::bias::MetaD
• turnOffCoeffsOutputFiles() : PLMD::ves::Optimizer
• turnOffExponentiallyDecayingAveraging() : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• turnOffHessian() : PLMD::ves::Optimizer
• turnOffIterationCounter() : PLMD::ves::CoeffsBase
• turnOnDerivatives() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase, PLMD::adjmat::ClusterDiameter, PLMD::adjmat::ClusteringBase, PLMD::adjmat::ClusterSize, PLMD::analysis::Histogram, PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST, PLMD::generic::Read, PLMD::gridtools::ActionWithGrid, PLMD::gridtools::ActionWithIntegral, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::mapping::Mapping, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• turnOnHessian() : PLMD::ves::Optimizer
• turnOnIterationCounter() : PLMD::ves::CoeffsBase
• twolists_ : PLMD::NeighborList
• Type : PLMD::lepton::ParseToken, PLMD::ves::WaveletGrid
• type : PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::Communicator::ConstData, PLMD::Communicator::Data, PLMD::FlexibleBin, PLMD::generic::DumpAtoms, PLMD::generic::FitToTemplate, PLMD::generic::ResetCell, PLMD::HistogramBead, PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::lepton::ParseToken, PLMD::molfile::molfile_atom_t, PLMD::molfile::molfile_graphics_t, PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t, PLMD::Pbc, PLMD::SwitchingFunction, PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• type_ : PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::TargetDistribution
• type_str() : PLMD::TypesafePtr
• types : PLMD::Keywords
• TypesafePtr() : PLMD::TypesafePtr
• typesTable : PLMD::colvar::GHBFIX
• typeToString() : PLMD::ves::WaveletGrid
• TYR : PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::SAXS
• TYR_BB : PLMD::isdb::SAXS
• TYR_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• TYR_SC2 : PLMD::isdb::SAXS
• TYR_SC3 : PLMD::isdb::SAXS