Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

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- p -

• P : PLMD::isdb::SAXS
• p : PLMD::F1dim< FCLASS >, PLMD::generic::Plumed, PLMD::MDAtomsTyped< T >, plumed, plumed_function_holder
• P0_contribution_ : PLMD::opes::ECVcustom, PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine
• pace_ : PLMD::bias::MaxEnt
• paction : PLMD::FlexibleBin
• pair_ : PLMD::generic::WrapAround
• pairing() : PLMD::colvar::Coordination, PLMD::colvar::CoordinationBase, PLMD::colvar::DHEnergy, PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::maze::Loss, PLMD::maze::Optimizer
• pairs : PLMD::ERMSD
• PAMM() : PLMD::pamm::PAMM
• PammObject() : PLMD::pamm::PammObject
• ParabetaRMSD() : PLMD::secondarystructure::ParabetaRMSD
• parallelread : PLMD::function::FilesHandler, PLMD::function::FuncSumHills
• parameter : PLMD::colvar::EEFSolv
• parameters : PLMD::function::Combine, PLMD::function::Stats, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::vesselbase::VesselOptions
• params_ : PLMD::maze::Loss
• parent_to_child : PLMD::Subprocess
• PARS_DA() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• pars_da : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• parse() : PLMD::Action, PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::isdb::CS2BackboneDB, PLMD::lepton::Parser, PLMD::Tools, PLMD::vesselbase::Vessel
• parseArgumentList() : PLMD::ActionWithArguments
• parseAtomList() : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::ReferenceAtoms
• parseConnectionDescriptions() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• ParsedExpression : PLMD::lepton::CompiledExpression, PLMD::lepton::ExpressionProgram, PLMD::lepton::ExpressionTreeNode, PLMD::lepton::ParsedExpression
• parseFilenames() : PLMD::ves::Optimizer
• parseFlag() : PLMD::Action, PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::Tools, PLMD::vesselbase::Vessel
• parseMultiColvarAtomList() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• parseMultipleValues() : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• parseNumbered() : PLMD::Action
• parseNumberedVector() : PLMD::Action
• parseOnlyMode() : PLMD::PlumedMain
• parsePrecedence() : PLMD::lepton::Parser
• parseReferenceEnvironments() : PLMD::crystallization::EnvironmentSimilarity
• ParseToken() : PLMD::lepton::ParseToken
• parseVector() : PLMD::Action, PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::Tools, PLMD::vesselbase::Vessel
• partialTaskList : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• partition_estimate_ : PLMD::fisst::FISST
• partner : PLMD::GREX
• passMap : PLMD::PlumedMain
• past_increment2_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• Path() : PLMD::mapping::Path
• path : PLMD::FileBase
• path_cv_values : PLMD::function::FuncPathGeneral
• PathBase() : PLMD::mapping::PathBase
• pathfile : PLMD::mapping::AdaptivePath
• PathMSD() : PLMD::colvar::PathMSD
• PathMSDBase() : PLMD::colvar::PathMSDBase
• PathReparameterization() : PLMD::mapping::PathReparameterization
• PathTools() : PLMD::mapping::PathTools
• PatternFlag : PLMD::ExchangePatterns
• PatternFlags : PLMD::ExchangePatterns
• pause() : PLMD::Stopwatch, PLMD::Stopwatch::Watch
• Pbc() : PLMD::Pbc
• pbc : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::Atoms, PLMD::cltools::SimpleMD, PLMD::colvar::Angle, PLMD::colvar::ContactMap, PLMD::colvar::CoordinationBase, PLMD::colvar::Distance, PLMD::colvar::EEFSolv, PLMD::colvar::ERMSD, PLMD::colvar::Position, PLMD::colvar::ProjectionOnAxis, PLMD::colvar::Template, PLMD::colvar::Torsion, PLMD::funnel::FUNNEL_PS, PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::FretEfficiency, PLMD::isdb::JCoupling, PLMD::isdb::NOE, PLMD::isdb::PRE, PLMD::isdb::RDC, PLMD::isdb::SAXS, PLMD::mapping::PathReparameterization, PLMD::pamm::PammObject, PLMD::piv::PIV, PLMD::Tools
• pbc_ : PLMD::colvar::DRMSD, PLMD::GridBase, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::maze::Optimizer, PLMD::NeighborList, PLMD::s2cm::S2ContactModel
• pbc_fwd : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::Atoms
• pbc_off() : PLMD::maze::Optimizer
• pbc_on() : PLMD::maze::Optimizer
• pbc_param : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• pbcApply() : PLMD::ActionAtomistic
• pbcDistance() : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase
• PBMetaD() : PLMD::bias::PBMetaD
• pbox : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• PCA() : PLMD::dimred::PCA
• pca : PLMD::ReferenceValuePack
• pca_names : PLMD::colvar::PCARMSD
• pcaIsEnabledForThisReference() : PLMD::ArgumentOnlyDistance, PLMD::MultiDomainRMSD, PLMD::OptimalRMSD, PLMD::ReferenceConfiguration, PLMD::SimpleRMSD
• PCARMSD() : PLMD::colvar::PCARMSD
• PCAVars() : PLMD::mapping::PCAVars
• pdb : PLMD::funnel::FUNNEL_PS, PLMD::GenericMolInfo
• pdb_fwd : PLMD::GenericMolInfo
• PdbRenumber() : PLMD::cltools::PdbRenumber
• pdbv : PLMD::colvar::PathMSDBase, PLMD::colvar::PCARMSD
• pDdStep : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• pdisplacements : PLMD::mapping::AdaptivePath
• performAnalysis() : PLMD::analysis::AnalysisBase, PLMD::analysis::EuclideanDissimilarityMatrix, PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase, PLMD::analysis::OutputColvarFile, PLMD::analysis::OutputPDBFile, PLMD::analysis::PrintDissimilarityMatrix, PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames, PLMD::analysis::ReadDissimilarityMatrix, PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase, PLMD::dimred::OutputPCAProjection, PLMD::dimred::PCA, PLMD::dimred::ProjectNonLandmarkPoints
• performCalc() : PLMD::PlumedMain
• performCalcNoForces() : PLMD::PlumedMain
• performCalcNoUpdate() : PLMD::PlumedMain
• performClustering() : PLMD::adjmat::ClusteringBase, PLMD::adjmat::ClusterWithSurface, PLMD::adjmat::DFSClustering
• performOperations() : PLMD::analysis::Average, PLMD::analysis::Histogram, PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid, PLMD::gridtools::FourierTransform, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• performTask() : PLMD::adjmat::ClusterDiameter, PLMD::adjmat::ClusterDistribution, PLMD::adjmat::ClusterProperties, PLMD::adjmat::ClusterSize, PLMD::analysis::Average, PLMD::analysis::EuclideanDissimilarityMatrix, PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase, PLMD::analysis::OutputColvarFile, PLMD::analysis::OutputPDBFile, PLMD::analysis::PrintDissimilarityMatrix, PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames, PLMD::analysis::ReadDissimilarityMatrix, PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase, PLMD::dimred::OutputPCAProjection, PLMD::dimred::ProjectNonLandmarkPoints, PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase, PLMD::mapping::AdaptivePath, PLMD::mapping::PathBase, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• period_ : PLMD::fisst::FISST
• periodic : PLMD::HistogramBead, PLMD::Value
• periodic_ : PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::TD_Grid
• periodicity : PLMD::HistogramBead, PLMD::Value
• periods_ : PLMD::ves::TD_VonMises
• perp : PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• perp_dirs : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• PesMD() : PLMD::cltools::PesMD
• pf_n_ : PLMD::bias::PBMetaD
• pfbox : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• pfhold_ : PLMD::bias::PBMetaD
• pForces : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• pfs_ : PLMD::bias::PBMetaD
• pGatindex : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• phases : PLMD::vatom::Center
• PHE : PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::SAXS
• PHE_BB : PLMD::isdb::SAXS
• PHE_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• PHE_SC2 : PLMD::isdb::SAXS
• PHE_SC3 : PLMD::isdb::SAXS
• phivs : PLMD::logmfd::LogMFD
• physical_time : PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• pid : PLMD::Subprocess
• Piecewise() : PLMD::function::Piecewise
• pilots : PLMD::PlumedMain
• PIV() : PLMD::piv::PIV
• PlaceholderFunction() : PLMD::lepton::PlaceholderFunction
• Plumed() : PLMD::generic::Plumed
• plumed : PLMD::Action, PLMD::ActionOptions, PLMD::ActionSet, PLMD::Atoms, PLMD::DataFetchingObject, PLMD::FileBase
• plumed_assert : PLMD::Exception
• plumed_c2f() : plumed
• plumed_c2v() : plumed
• plumed_cmd() : plumed
• plumed_cmd_nothrow() : plumed
• plumed_create() : plumed
• plumed_create_dlopen() : plumed
• plumed_create_invalid() : plumed
• plumed_create_reference() : plumed
• plumed_create_reference_f() : plumed
• plumed_create_reference_v() : plumed
• plumed_dbg_assert : PLMD::Exception
• plumed_dbg_massert : PLMD::Exception
• plumed_error : PLMD::Exception
• plumed_error_nested : PLMD::Exception
• plumed_f2c() : plumed
• plumed_finalize() : plumed
• plumed_here : PLMD::Exception
• plumed_installed() : plumed
• plumed_massert : PLMD::Exception
• plumed_merror : PLMD::Exception
• PLUMED_REGISTER_ACTION : PLMD::ActionRegister
• PLUMED_REGISTER_CLTOOL : PLMD::CLToolRegister
• plumed_use_count() : plumed
• plumed_v2c() : plumed
• plumed_valid() : plumed
• plumedDat : PLMD::PlumedMain
• PlumedHandle() : PLMD::PlumedHandle
• plumedHasMPI() : PLMD::Communicator
• PlumedMain() : PLMD::PlumedMain
• plumedMain : PLMD::GREX
• pNLocalAtoms : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• pntrToECVsClass_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• pointer : PLMD::Communicator::ConstData, PLMD::Communicator::Data
• points : PLMD::function::Piecewise, PLMD::funnel::FUNNEL_PS
• PolymerAngles() : PLMD::crystallization::PolymerAngles
• pos : PLMD::molfile::md_atom, PLMD::molfile::md_ts, PLMD::multicolvar::VolumeInEnvelope
• pos1 : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• pos2 : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• Position() : PLMD::colvar::Position
• position : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• positions : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::analysis::DataCollectionObject, PLMD::Atoms, PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift, PLMD::generic::Plumed, PLMD::PDB, PLMD::RMSDCoreData
• positions_center : PLMD::RMSD
• positions_center_is_calculated : PLMD::RMSD
• positions_center_is_removed : PLMD::RMSD
• positionsHaveBeenSet : PLMD::Atoms
• positionsToBeReceived : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• positionsToBeSent : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• potential_expansion_pntr : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• POWER : PLMD::lepton::Operation
• Power() : PLMD::lepton::Operation::Power
• power : PLMD::function::Ensemble
• POWER_CONSTANT : PLMD::lepton::Operation
• PowerConstant() : PLMD::lepton::Operation::PowerConstant
• powers : PLMD::function::Combine, PLMD::vesselbase::Moments
• POXYGENS : PLMD::membranefusion::fusionPoreExpansionP, PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP
• pPositions : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• PRE() : PLMD::isdb::PRE
• pre_fact_ : PLMD::isdb::EMMI
• prec : PLMD::molfile::md_file
• precalculateConstantSubexpressions() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• preevaluateVariables() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• prefactor_a_ : PLMD::s2cm::S2ContactModel
• prepare() : PLMD::Action, PLMD::colvar::CoordinationBase, PLMD::colvar::Energy, PLMD::colvar::ExtraCV, PLMD::function::FuncPathGeneral, PLMD::function::FuncPathMSD, PLMD::generic::DumpMassCharge, PLMD::generic::Plumed, PLMD::generic::Print, PLMD::generic::Read, PLMD::generic::UpdateIf, PLMD::GenericMolInfo, PLMD::gridtools::ConvertToFES, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::mapping::SpathVessel, PLMD::maze::Optimizer, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase, PLMD::s2cm::S2ContactModel, PLMD::vesselbase::BridgeVessel, PLMD::vesselbase::Vessel
• prepareCalc() : PLMD::PlumedMain
• prepareDependencies() : PLMD::PlumedMain
• prepareForAveraging() : PLMD::analysis::Histogram, PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid, PLMD::gridtools::ConvertToFES, PLMD::gridtools::FindContour, PLMD::gridtools::FindContourSurface, PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• preps : PLMD::analysis::OutputColvarFile, PLMD::gridtools::GridPrintingBase
• pres0_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• pres_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• pres_low_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• pres_size : PLMD::molfile::trx_hdr, PLMD::xdrfile::t_trnheader
• press_ : PLMD::bias::ReweightTemperaturePressure, PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• pretty : PLMD::Exception::Location
• prev_exp_alpha_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• prev_pos : PLMD::piv::PIV::SharedData
• prev_stp : PLMD::piv::PIV::SharedData
• previous_fields : PLMD::OFile
• Print() : PLMD::generic::Print
• print() : PLMD::Keywords, PLMD::PDB
• print_bias() : PLMD::isdb::Rescale
• print_charges : PLMD::generic::DumpMassCharge
• print_debug_info_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• print_html() : PLMD::Keywords
• print_html_item() : PLMD::Keywords
• print_masses : PLMD::generic::DumpMassCharge
• print_spelling() : PLMD::Keywords
• print_status() : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::maze::Memetic
• print_stride_ : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::ves::VesDeltaF
• print_template() : PLMD::Keywords
• print_vim() : PLMD::Keywords
• printDeltaF() : PLMD::opes::OPESexpanded
• PrintDissimilarityMatrix() : PLMD::analysis::PrintDissimilarityMatrix
• printExampleInput() : PLMD::cltools::GenExample
• printf() : PLMD::OFile
• printField() : PLMD::OFile
• printFirstStep : PLMD::bias::MaxEnt
• printGrid() : PLMD::gridtools::DumpCube, PLMD::gridtools::DumpGrid, PLMD::gridtools::GridPrintingBase, PLMD::gridtools::GridToXYZ
• printInfo() : PLMD::ves::BasisFunctions
• printManual() : PLMD::ActionRegister, PLMD::CLToolRegister
• printStride : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• printTemplate() : PLMD::ActionRegister
• prior_ : PLMD::isdb::EMMI
• PRO : PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::CS2BackboneDB, PLMD::isdb::SAXS
• PRO_BB : PLMD::isdb::SAXS
• PRO_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• prob_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• probability_decreaser_ : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• ProbWeight() : PLMD::ProbWeight
• Prod() : PLMD::Communicator
• product : PLMD::Value
• proj : PLMD::function::FuncSumHills
• projdir : PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• project() : PLMD::Grid
• projectArgDisplacementOnVector() : PLMD::ReferenceArguments
• projectAtomicDisplacementOnVector() : PLMD::MultiDomainRMSD, PLMD::OptimalRMSD, PLMD::ReferenceAtoms, PLMD::SimpleRMSD
• projectDisplacementOnVector() : PLMD::ReferenceConfiguration
• projectInnerLoop() : PLMD::BiasWeight, PLMD::ProbWeight, PLMD::ves::FesWeight, PLMD::ves::MarginalWeight, PLMD::WeightBase
• projection() : PLMD::Value
• projection_args_ : PLMD::ves::VesBias
• ProjectionOnAxis() : PLMD::colvar::ProjectionOnAxis
• projections : PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase
• ProjectNonLandmarkPoints : PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase, PLMD::dimred::ProjectNonLandmarkPoints
• projectOnLowDimension() : PLMD::Grid
• projectOuterLoop() : PLMD::BiasWeight, PLMD::ProbWeight, PLMD::ves::FesWeight, PLMD::ves::MarginalWeight, PLMD::WeightBase
• property : PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath, PLMD::dimred::SketchMapRead, PLMD::mapping::Mapping
• PropertyMap() : PLMD::colvar::PropertyMap, PLMD::mapping::Mapping, PLMD::mapping::PropertyMap
• proposeMove() : PLMD::isdb::Rescale
• pseudo_virial_ : PLMD::eds::EDS
• pseudo_virial_sum_ : PLMD::eds::EDS
• pseudoInvert : PLMD::Matrix< T >
• pt : PLMD::F1dim< FCLASS >
• ptr : PLMD::lepton::AsmJitRuntimePtr, PLMD::PlumedMain::plumed_error_handler, PLMD::TypesafePtr, plumed_nothrow_handler, plumed_nothrow_handler_x, plumed_safeptr, plumed_safeptr_x
• Puckering() : PLMD::colvar::Puckering
• pulling_ : PLMD::maze::Steered_MD
• pushKernel() : PLMD::BiasRepresentation
• putIndexInActiveArray() : PLMD::DynamicList< T >, PLMD::MultiValue
• pval : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• pweights : PLMD::dimred::SketchMapBase
• px : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• py : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• pythonCmd : PLMD::GenericMolInfo
• pz : PLMD::MDAtomsTyped< T >