Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

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Z

_

~

- o -

• O : PLMD::isdb::SAXS
• obs_cvs_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• obs_steps_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• observable_freq_ : PLMD::fisst::FISST
• observable_weight_ : PLMD::fisst::FISST
• Oc : PLMD::isdb::CS2Backbone
• occupancies : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• occupancy : PLMD::molfile::molfile_atom_t, PLMD::PDB
• of : PLMD::generic::DumpAtoms, PLMD::generic::DumpDerivatives, PLMD::generic::DumpForces, PLMD::generic::DumpProjections, PLMD::gridtools::FindContour, PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar
• offset : PLMD::bias::LWalls, PLMD::bias::UWalls, PLMD::manyrestraints::LWalls, PLMD::manyrestraints::UWalls
• offset_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• offset_c_ : PLMD::s2cm::S2ContactModel
• offset_max_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• offset_min_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• offset_mu_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• offset_prior_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• OFile() : PLMD::OFile
• ofile : PLMD::adjmat::OutputCluster, PLMD::analysis::Committor, PLMD::generic::Debug, PLMD::generic::Print
• ofilename : PLMD::dimred::PCA
• ofmt : PLMD::mapping::AdaptivePath
• oind : PLMD::ReferenceValuePack
• oind_set : PLMD::ReferenceValuePack
• old_KDEnorm_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• oldaa : PLMD::bias::MovingRestraint
• olddpotdk : PLMD::bias::MovingRestraint
• oldf : PLMD::bias::MovingRestraint
• oldk : PLMD::bias::MovingRestraint
• oldlambda : PLMD::bias::MaxEnt
• on : PLMD::Atoms::DomainDecomposition, PLMD::generic::UpdateIf
• one_minus_weight_decay_ : PLMD::ves::Opt_Adam
• onebead : PLMD::isdb::SAXS
• oneD_pmf : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• ONEOVERS2C2CUTOFF : PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP, PLMD::membranefusion::memFusionP
• ones : PLMD::gridtools::FindContourSurface
• onoff : PLMD::DynamicList< T >
• onStep() : PLMD::ActionPilot, PLMD::gridtools::ConvertToFES
• Op : PLMD::isdb::CS2Backbone
• open() : PLMD::FileBase, PLMD::IFile, PLMD::OFile
• open_file_read : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• open_file_write : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• operation : PLMD::lepton::CompiledExpression, PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• operations : PLMD::lepton::ExpressionProgram
• Operator : PLMD::lepton::ParseToken
• operator bool() : PLMD::Atoms::DomainDecomposition, PLMD::FileBase, PLMD::TypesafePtr
• operator!= : PLMD::AtomNumber, PLMD::lepton::ExpressionTreeNode, PLMD::lepton::Operation::AddConstant, PLMD::lepton::Operation::Constant, PLMD::lepton::Operation::Custom, PLMD::lepton::Operation::MultiplyConstant, PLMD::lepton::Operation, PLMD::lepton::Operation::PowerConstant, PLMD::lepton::Operation::Variable
• operator()() : PLMD::colvar::PathMSDBase::imgOrderByDist, PLMD::colvar::PathMSDBase::imgOrderBySimilarity, PLMD::DynamicList< T >, PLMD::function::FuncPathGeneral::pairordering, PLMD::function::FuncPathMSD::ordering, PLMD::function::FuncPathMSD::pairordering, PLMD::Matrix< T >, PLMD::maze::tls::delete_ptr, PLMD::TensorGeneric< n, m >, PLMD::VectorGeneric< n >, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• operator* : PLMD::Matrix< T >, PLMD::TensorGeneric< n, m >, PLMD::VectorGeneric< n >, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• operator*=() : PLMD::Matrix< T >, PLMD::TensorGeneric< n, m >, PLMD::VectorGeneric< n >, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• operator+() : PLMD::TensorGeneric< n, m >, PLMD::VectorGeneric< n >, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• operator+=() : PLMD::Matrix< T >, PLMD::TensorGeneric< n, m >, PLMD::VectorGeneric< n >, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• operator-() : PLMD::TensorGeneric< n, m >, PLMD::VectorGeneric< n >, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• operator-=() : PLMD::Matrix< T >, PLMD::TensorGeneric< n, m >, PLMD::VectorGeneric< n >, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector
• operator/ : PLMD::TensorGeneric< n, m >, PLMD::VectorGeneric< n >
• operator/=() : PLMD::TensorGeneric< n, m >, PLMD::VectorGeneric< n >
• operator< : PLMD::AtomNumber
• operator<< : PLMD::ActionRegister, PLMD::Citations, PLMD::CLToolRegister, PLMD::Exception, PLMD::ExceptionDebug, PLMD::ExceptionError, PLMD::ExceptionTypeError, PLMD::Matrix< T >, PLMD::OFile, PLMD::PDB, PLMD::Random, PLMD::Stopwatch, PLMD::Subprocess, PLMD::TensorGeneric< n, m >, PLMD::VectorGeneric< n >
• operator<<=() : PLMD::Exception::Throw
• operator<= : PLMD::AtomNumber
• operator=() : PLMD::Action, PLMD::Communicator, PLMD::DLLoader, PLMD::Exception, PLMD::FileBase, PLMD::lepton::AsmJitRuntimePtr, PLMD::lepton::CompiledExpression, PLMD::lepton::ExpressionProgram, PLMD::lepton::ExpressionTreeNode, PLMD::Matrix< T >, PLMD::pamm::PammObject, PLMD::PlumedHandle, PLMD::Stopwatch::Handler, PLMD::Subprocess::Handler, PLMD::TypesafePtr, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector, PLMD::ves::FermiSwitchingFunction, PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• operator== : PLMD::AtomNumber, PLMD::lepton::ExpressionTreeNode, PLMD::lepton::Operation
• operator> : PLMD::AtomNumber
• operator>= : PLMD::AtomNumber
• operator>> : PLMD::Random
• operator[]() : PLMD::DynamicList< T >, PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Const_row, PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >, PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Row, PLMD::VectorGeneric< n >, PLMD::ves::CoeffsVector
• OPESexpanded() : PLMD::opes::OPESexpanded
• OPESmetad() : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• opt : plumed_safeptr, plumed_safeptr_x
• opt_ : PLMD::maze::Optimizer
• Opt_Adam() : PLMD::ves::Opt_Adam
• Opt_BachAveragedSGD() : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• Opt_Dummy() : PLMD::ves::Opt_Dummy
• opt_pntrs_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• Opt_RobbinsMonroSGD() : PLMD::ves::Opt_RobbinsMonroSGD
• opt_value_ : PLMD::maze::Optimizer
• OPTIMAL : PLMD::RMSD
• OPTIMAL_FAST : PLMD::RMSD
• optimalAlignment() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_DDistDRef() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_DDistDRef_Rot_DRotDPos() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_DDistDRef_Rot_DRotDPos_DRotDRef() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_Fit() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_PCA() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_Rot() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_Rot_DRotDRr01() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_SOMA() : PLMD::RMSD
• optimalAlignmentWithCloseStructure() : PLMD::RMSD
• OptimalRMSD() : PLMD::OptimalRMSD, PLMD::ReferenceValuePack
• optimization_threshold_ : PLMD::ves::VesBias
• optimize() : PLMD::lepton::ParsedExpression, PLMD::maze::Memetic, PLMD::maze::Optimizer, PLMD::maze::Random_Acceleration_MD, PLMD::maze::Random_Walk, PLMD::maze::Simulated_Annealing, PLMD::maze::Steered_MD
• optimize_coeffs_ : PLMD::ves::VesBias
• optimizeCoeffs() : PLMD::ves::VesBias
• optimized_step_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• Optimizer() : PLMD::maze::Optimizer, PLMD::ves::Optimizer
• optimizer_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• optimizer_pntr_ : PLMD::ves::VesBias
• optimizer_stride_ : PLMD::maze::Optimizer
• OptimizerBias() : PLMD::maze::OptimizerBias
• optional : PLMD::Keywords::KeyType
• options : PLMD::Action
• optsigmamean_stride_ : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• orbital_energies : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• orbital_ids : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• OrderingVessel : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel, PLMD::vesselbase::OrderingVessel
• orient0 : PLMD::multicolvar::NumberOfLinks
• orient1 : PLMD::multicolvar::NumberOfLinks
• OrientationSphere() : PLMD::crystallization::OrientationSphere, PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• origin : PLMD::molfile::molfile_volumetric_t, PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity, PLMD::multicolvar::VolumeAround, PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder, PLMD::multicolvar::VolumeInSphere, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• orthorombic : PLMD::Pbc
• oss : PLMD::OFile
• out : PLMD::CLToolMain
• out_coupling_ : PLMD::eds::EDS
• out_observable_ : PLMD::fisst::FISST
• out_observable_name_ : PLMD::fisst::FISST
• out_of_bounds() : PLMD::maze::Memetic
• out_restart_ : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• out_restart_name_ : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• outhills : PLMD::function::FuncSumHills
• outhisto : PLMD::function::FuncSumHills
• OUTLIERS : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• output : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• output_filename : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• output_fmt_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• output_for_all_replicas : PLMD::analysis::OutputColvarFile, PLMD::gridtools::GridPrintingBase
• output_freq : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• output_of_each_layer : PLMD::function::annfunc::ANN
• output_type : PLMD::gridtools::FourierTransform
• output_xyz : PLMD::adjmat::OutputCluster
• OutputBasisFunctions() : PLMD::ves::OutputBasisFunctions
• OutputCluster() : PLMD::adjmat::OutputCluster
• OutputColvarFile() : PLMD::analysis::OutputColvarFile
• outputComponentExists() : PLMD::Keywords
• OutputFesBias() : PLMD::ves::OutputFesBias
• outputForces : PLMD::bias::Bias
• OutputPCAProjection() : PLMD::dimred::OutputPCAProjection, PLMD::dimred::PCA
• OutputPDBFile() : PLMD::analysis::OutputPDBFile
• OutputTargetDistribution() : PLMD::ves::OutputTargetDistribution
• ovdd_ : PLMD::isdb::EMMI
• ovfilename_ : PLMD::isdb::EMMI
• ovmd_ : PLMD::isdb::EMMI
• ovmd_ave_ : PLMD::isdb::EMMI
• ovmd_der_ : PLMD::isdb::EMMI
• ovstride_ : PLMD::isdb::EMMI