Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

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Z

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~

- i -

• i : PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Const_row, PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Row
• IA : PLMD::Random
• iclose1 : PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• iclose2 : PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• Id : PLMD::lepton::Operation
• identical_coeffs_shape_ : PLMD::ves::Optimizer
• identity() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• idum : PLMD::Random
• IFile() : PLMD::IFile
• ifile : PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::generic::Read
• ifile_ptr : PLMD::generic::Read
• ifiles : PLMD::function::FilesHandler
• ifiles_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• ifilesnames : PLMD::bias::MaxEnt
• ifilesnames_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• ignore_forces : PLMD::generic::Read
• ignore_time : PLMD::generic::Read
• ignoreFields : PLMD::IFile
• ignoreNormalization() : PLMD::gridtools::ConvertToFES, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• igolden : PLMD::gridtools::GridVessel
• ILE : PLMD::isdb::CS2Backbone, PLMD::isdb::SAXS
• ILE_BB : PLMD::isdb::SAXS
• ILE_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• IM : PLMD::Random
• imag_modes : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• imgVec : PLMD::colvar::PathMSDBase
• in : PLMD::CLToolMain
• in_apply : PLMD::analysis::Histogram
• in_restart_ : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• in_restart_name_ : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• inactive() : PLMD::gridtools::GridVessel
• Include() : PLMD::generic::Include
• incPrec : PLMD::Random
• increase_value() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix, PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >
• IncreasedPrecis() : PLMD::Random
• increaseIterationCounter() : PLMD::ves::Optimizer
• increaseReferenceCounter() : PLMD::PlumedMain
• increasingOrder() : PLMD::function::FuncPathMSD
• index : PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::AtomNumber, PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath, PLMD::generic::Plumed, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• index_ : PLMD::AtomNumber
• index_k_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• index_t : PLMD::GridBase
• indexCnt : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• indexDsp : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• indexes : PLMD::ActionAtomistic
• indexmap : PLMD::function::FuncPathMSD
• indexOfTaskInFullList : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• indexR : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• indexS : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• indexToBeReceived : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• indexToBeSent : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• indexvec : PLMD::colvar::PathMSDBase
• indices : PLMD::analysis::DataCollectionObject, PLMD::multicolvar::AtomValuePack, PLMD::multicolvar::CatomPack, PLMD::MultiValue, PLMD::ReferenceAtoms
• indices_shape_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• indicesExist() : PLMD::ves::CoeffsBase
• inept : PLMD::isdb::PRE
• Info() : PLMD::cltools::Info
• info : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• ingrid : PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid, PLMD::gridtools::GridPrintingBase
• Init() : PLMD::GridBase
• init() : PLMD::Atoms, PLMD::HistogramBead, PLMD::PlumedMain, PLMD::SwitchingFunction, PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• init_cs() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• init_fromObs() : PLMD::opes::OPESexpanded
• init_linkECVs() : PLMD::opes::OPESexpanded
• init_pntrToECVsClass() : PLMD::opes::OPESexpanded
• init_rings() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• init_shape() : PLMD::TypesafePtr
• init_stp : PLMD::piv::PIV::SharedData
• init_types() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• initECVs() : PLMD::opes::ECVcustom, PLMD::opes::ECVlinear, PLMD::opes::ECVmultiThermal, PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric, PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine
• initECVs_observ() : PLMD::opes::ECVcustom, PLMD::opes::ECVlinear, PLMD::opes::ECVmultiThermal, PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric, PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine, PLMD::opes::ExpansionCVs
• initECVs_restart() : PLMD::opes::ECVcustom, PLMD::opes::ECVlinear, PLMD::opes::ECVmultiThermal, PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric, PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine, PLMD::opes::ExpansionCVs
• initial_weight_dist_ : PLMD::fisst::FISST
• initial_weight_rate_ : PLMD::fisst::FISST
• initialBias : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• Initialise() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• initialize() : PLMD::NeighborList
• initialize_members() : PLMD::maze::Memetic
• initializeCoeffs() : PLMD::ves::VesBias
• initialized() : PLMD::Communicator, PLMD::GREX, PLMD::PlumedMain
• initializeIndices() : PLMD::ves::CoeffsBase
• initstride : PLMD::function::FuncSumHills
• inMiddleOfField : PLMD::IFile
• inPair() : PLMD::ERMSD
• InPlaneDistances() : PLMD::multicolvar::InPlaneDistances
• input_count : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• input_filename : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• input_grad : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• input_of_each_layer : PLMD::function::annfunc::ANN
• inputData : PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool
• inputdata : PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool
• inputForce : PLMD::Value
• insertFile() : PLMD::PlumedMain
• insertGroup() : PLMD::Atoms
• insertion : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• inst_alpha_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• installed() : PLMD::DLLoader
• integrate() : PLMD::Grid
• IntegrateGrid() : PLMD::gridtools::IntegrateGrid
• integrateGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• integratehills : PLMD::function::FuncSumHills
• integratehisto : PLMD::function::FuncSumHills
• intensities : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• intercomm : PLMD::cltools::GenExample, PLMD::generic::Plumed, PLMD::GREX
• intercomm_fwd : PLMD::GREX
• IntermolecularDRMSD() : PLMD::IntermolecularDRMSD
• InterMolecularTorsions() : PLMD::crystallization::InterMolecularTorsions
• InterpolateGrid() : PLMD::gridtools::InterpolateGrid
• interpretArgumentList() : PLMD::ActionWithArguments
• interpretAtomList() : PLMD::ActionAtomistic
• interpretLabel() : PLMD::Tools
• interpretRanges() : PLMD::Tools
• interpretSymbol() : PLMD::GenericMolInfo
• interval : PLMD::logmfd::LogMFD
• interval_bounded_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_intrinsic_max_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_intrinsic_max_str_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_intrinsic_mean_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_intrinsic_min_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_intrinsic_min_str_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_intrinsic_range_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_max_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_max_str_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_mean_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_min_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_min_str_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_range_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalBounded() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalDerivf() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMax() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMaxStr() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMean() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMin() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMinStr() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalRange() : PLMD::ves::BasisFunctions
• inthessian : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• intracomm : PLMD::cltools::GenExample, PLMD::GREX
• intracomm_fwd : PLMD::GREX
• IntramolecularDRMSD() : PLMD::IntramolecularDRMSD
• intrinsicIntervalMax() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intrinsicIntervalMaxStr() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intrinsicIntervalMin() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intrinsicIntervalMinStr() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intValue : PLMD::lepton::Operation::PowerConstant
• inum : PLMD::vesselbase::BridgeVessel
• inv_cov_md_ : PLMD::isdb::EMMI
• inv_gamma_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• inv_max_minus_min : PLMD::HistogramBead, PLMD::Value
• inv_normfactor_ : PLMD::ves::BF_CubicBsplines, PLMD::ves::BF_Powers
• inv_r_eff_ : PLMD::s2cm::S2ContactModel
• inv_sigma_ : PLMD::ves::BF_Gaussians
• inv_spacing_ : PLMD::ves::BF_CubicBsplines
• inv_sqrt2_ : PLMD::isdb::EMMI
• invalidateList : PLMD::colvar::CoordinationBase, PLMD::s2cm::S2ContactModel
• invbeta : PLMD::BiasWeight, PLMD::ProbWeight, PLMD::ves::FesWeight
• invbiasf_ : PLMD::ves::WellTemperedModifer
• invBox : PLMD::Pbc
• inverse : PLMD::adjmat::ClusterDistribution, PLMD::TensorGeneric< n, m >
• Invert : PLMD::Matrix< T >
• invlambda : PLMD::mapping::ZpathVessel
• inVolumeOfInterest() : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• invr0 : PLMD::SwitchingFunction
• invr0_ : PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• invr0_2 : PLMD::SwitchingFunction
• invReduced : PLMD::Pbc
• invsigma : PLMD::bias::MetaD::Gaussian, PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian
• iov_base : PLMD::molfile::fio_iovec
• iov_len : PLMD::molfile::fio_iovec
• ipos : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• iprecision : PLMD::generic::DumpAtoms
• IQ : PLMD::Random
• Iq0 : PLMD::isdb::SAXS
• Iq0_mix : PLMD::isdb::SAXS
• Iq0_mix_D : PLMD::isdb::SAXS
• Iq0_mix_H : PLMD::isdb::SAXS
• Iq0_solv : PLMD::isdb::SAXS
• Iq0_solv_H : PLMD::isdb::SAXS
• Iq0_vac : PLMD::isdb::SAXS
• Iq0_vac_D : PLMD::isdb::SAXS
• Iq0_vac_H : PLMD::isdb::SAXS
• IR : PLMD::Random
• ir_size : PLMD::molfile::trx_hdr, PLMD::xdrfile::t_trnheader
• is_active : PLMD::bias::MetaD::TemperingSpecs
• is_chi1_cx() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• is_file : PLMD::TypesafePtr
• is_floating_point : PLMD::TypesafePtr
• is_integral : PLMD::TypesafePtr
• is_local_search_on() : PLMD::maze::Memetic
• is_pbc_on() : PLMD::maze::Optimizer
• isaction : PLMD::Keywords
• isActive() : PLMD::Action, PLMD::DynamicList< T >, PLMD::MultiValue, PLMD::ves::CoeffsBase
• isAnalysis() : PLMD::Keywords
• isAtomList() : PLMD::Keywords::KeyType
• isatoms : PLMD::Keywords
• isBiasCutoffAllowed() : PLMD::ves::TargetDistribution
• isBiasFileOutputActive() : PLMD::ves::VesBias
• isBiasOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isChargeSet_ : PLMD::vatom::Center
• iscltool : PLMD::function::FuncSumHills
• isCompulsory() : PLMD::Keywords::KeyType
• isConstant() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• isCurrentlyActive() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• isdens : PLMD::crystallization::GradientVessel
• isDensity() : PLMD::multicolvar::Density, PLMD::multicolvar::DistanceFromContour, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• isDerivative : PLMD::lepton::Operation::Custom
• isDiagonal() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• isDriver() : PLMD::Keywords
• isDynamic() : PLMD::ves::TargetDistribution
• isDynamicTargetDistFileOutputActive() : PLMD::ves::VesBias
• iselect : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• Isend() : PLMD::Communicator
• isEnergy : PLMD::colvar::Colvar, PLMD::Colvar, PLMD::sasa::Colvar
• isEnergyNeeded() : PLMD::Atoms
• isExtraCV : PLMD::colvar::Colvar, PLMD::Colvar, PLMD::sasa::Colvar
• isExtraCVNeeded() : PLMD::Atoms, PLMD::MDAtomsBase, PLMD::MDAtomsTyped< T >
• isFesFileOutputActive() : PLMD::ves::VesBias
• isFesOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isFesProjFileOutputActive() : PLMD::ves::VesBias
• isFesProjOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isFirstStep : PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift, PLMD::isdb::SAXS, PLMD::ves::Optimizer
• isFirstStep_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >, PLMD::ves::VesDeltaF
• isFlag() : PLMD::Keywords::KeyType
• isGenericCoeffs() : PLMD::ves::CoeffsBase
• isInfixOperator() : PLMD::lepton::Operation::Add, PLMD::lepton::Operation::Divide, PLMD::lepton::Operation, PLMD::lepton::Operation::Multiply, PLMD::lepton::Operation::Power, PLMD::lepton::Operation::PowerConstant, PLMD::lepton::Operation::Subtract
• isInitialized : PLMD::RMSDCoreData
• isIntPower : PLMD::lepton::Operation::PowerConstant
• isIterationCounterActive() : PLMD::ves::CoeffsBase
• isLinearBasisSetCoeffs() : PLMD::ves::CoeffsBase
• isMassSet_ : PLMD::vatom::Center
• isMultiLinearBasisSetCoeffs() : PLMD::ves::CoeffsBase
• isNotPeriodic() : PLMD::HistogramBead
• isOpen() : PLMD::FileBase
• isopen : PLMD::function::FilesHandler
• isOptional() : PLMD::Keywords::KeyType
• isOptionOn() : PLMD::Action
• isOrthorombic() : PLMD::Pbc
• isPeriodic() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix, PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase, PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase, PLMD::analysis::AnalysisBase, PLMD::analysis::Average, PLMD::analysis::Histogram, PLMD::crystallization::CubicHarmonicBase, PLMD::crystallization::EnvironmentSimilarity, PLMD::crystallization::InterMolecularTorsions, PLMD::crystallization::OrientationSphere, PLMD::crystallization::VectorMultiColvar, PLMD::gridtools::ActionWithIntegral, PLMD::gridtools::ContourFindingBase, PLMD::gridtools::ConvertToFES, PLMD::gridtools::FindContour, PLMD::gridtools::FourierTransform, PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::gridtools::InterpolateGrid, PLMD::HistogramBead, PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase, PLMD::mapping::Mapping, PLMD::multicolvar::AlphaBeta, PLMD::multicolvar::Angles, PLMD::multicolvar::Bridge, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::CoordinationNumbers, PLMD::multicolvar::Density, PLMD::multicolvar::DihedralCorrelation, PLMD::multicolvar::DistanceFromContour, PLMD::multicolvar::Distances, PLMD::multicolvar::InPlaneDistances, PLMD::multicolvar::LocalAverage, PLMD::multicolvar::MultiColvarCombine, PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity, PLMD::multicolvar::MultiColvarProduct, PLMD::multicolvar::NumberOfLinks, PLMD::multicolvar::Torsions, PLMD::multicolvar::XAngles, PLMD::multicolvar::XDistances, PLMD::multicolvar::XYDistances, PLMD::multicolvar::XYTorsion, PLMD::pamm::HBPammHydrogens, PLMD::pamm::PAMM, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD, PLMD::Value, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• isReady_ : PLMD::opes::ExpansionCVs
• isReduced() : PLMD::LatticeReduction
• isReduced2() : PLMD::LatticeReduction
• isRescaledToBias() : PLMD::BiasRepresentation
• isReweightFactorCalculated() : PLMD::ves::VesBias
• isSet() : PLMD::Pbc
• isSP2() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• isStatic() : PLMD::ves::TargetDistribution
• isStaticTargetDistFileOutputActive() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::VesBias
• isSymmetric() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel, PLMD::lepton::Operation::Add, PLMD::lepton::Operation, PLMD::lepton::Operation::Multiply, PLMD::Matrix< T >, PLMD::ves::CoeffsMatrix
• isTargetDistGridShiftedToZero() : PLMD::ves::TargetDistribution
• isTargetDistOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isTargetDistProjOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isTerminalGroup() : PLMD::MolDataClass
• isVessel() : PLMD::Keywords::KeyType
• isVirtualAtom() : PLMD::Atoms
• isWhole() : PLMD::GenericMolInfo
• iswhole_ : PLMD::GenericMolInfo
• items : PLMD::Citations
• iter_counter : PLMD::ves::Optimizer
• iter_tol : PLMD::dimred::SketchMapSmacof
• iteration_and_time_active_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• iteration_opt : PLMD::ves::CoeffsBase
• ITMAX : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >, PLMD::ConjugateGradient< FCLASS >, PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• iv : PLMD::Random
• iy : PLMD::Random