Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

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S

T

U

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W

X

Z

_

~

- i -

• identity() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• IFile() : PLMD::IFile
• ignoreNormalization() : PLMD::gridtools::ConvertToFES, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• inactive() : PLMD::gridtools::GridVessel
• Include() : PLMD::generic::Include
• increase_value() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix, PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >
• IncreasedPrecis() : PLMD::Random
• increaseIterationCounter() : PLMD::ves::Optimizer
• increaseReferenceCounter() : PLMD::PlumedMain
• increasingOrder() : PLMD::function::FuncPathMSD
• index() : PLMD::AtomNumber
• indicesExist() : PLMD::ves::CoeffsBase
• Info() : PLMD::cltools::Info
• Init() : PLMD::GridBase
• init() : PLMD::Atoms, PLMD::PlumedMain
• init_cs() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• init_fromObs() : PLMD::opes::OPESexpanded
• init_linkECVs() : PLMD::opes::OPESexpanded
• init_pntrToECVsClass() : PLMD::opes::OPESexpanded
• init_rings() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• init_shape() : PLMD::TypesafePtr
• init_types() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• initECVs() : PLMD::opes::ECVcustom, PLMD::opes::ECVlinear, PLMD::opes::ECVmultiThermal, PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric, PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine
• initECVs_observ() : PLMD::opes::ECVcustom, PLMD::opes::ECVlinear, PLMD::opes::ECVmultiThermal, PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric, PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine, PLMD::opes::ExpansionCVs
• initECVs_restart() : PLMD::opes::ECVcustom, PLMD::opes::ECVlinear, PLMD::opes::ECVmultiThermal, PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric, PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine, PLMD::opes::ExpansionCVs
• Initialise() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• initialize() : PLMD::NeighborList
• initialize_members() : PLMD::maze::Memetic
• initializeCoeffs() : PLMD::ves::VesBias
• initialized() : PLMD::Communicator
• initializeIndices() : PLMD::ves::CoeffsBase
• inPair() : PLMD::ERMSD
• InPlaneDistances() : PLMD::multicolvar::InPlaneDistances
• insertFile() : PLMD::PlumedMain
• insertGroup() : PLMD::Atoms
• installed() : PLMD::DLLoader
• integrate() : PLMD::Grid
• IntegrateGrid() : PLMD::gridtools::IntegrateGrid
• integrateGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• IntermolecularDRMSD() : PLMD::IntermolecularDRMSD
• InterMolecularTorsions() : PLMD::crystallization::InterMolecularTorsions
• InterpolateGrid() : PLMD::gridtools::InterpolateGrid
• interpretArgumentList() : PLMD::ActionWithArguments
• interpretAtomList() : PLMD::ActionAtomistic
• interpretLabel() : PLMD::Tools
• interpretRanges() : PLMD::Tools
• interpretSymbol() : PLMD::GenericMolInfo
• intervalBounded() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalDerivf() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMax() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMaxStr() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMean() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMin() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMinStr() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalRange() : PLMD::ves::BasisFunctions
• IntramolecularDRMSD() : PLMD::IntramolecularDRMSD
• intrinsicIntervalMax() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intrinsicIntervalMaxStr() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intrinsicIntervalMin() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intrinsicIntervalMinStr() : PLMD::ves::BasisFunctions
• inverse() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• inVolumeOfInterest() : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• is_chi1_cx() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• is_local_search_on() : PLMD::maze::Memetic
• is_pbc_on() : PLMD::maze::Optimizer
• isActive() : PLMD::Action, PLMD::DynamicList< T >, PLMD::MultiValue, PLMD::ves::CoeffsBase
• isAnalysis() : PLMD::Keywords
• isAtomList() : PLMD::Keywords::KeyType
• isBiasCutoffAllowed() : PLMD::ves::TargetDistribution
• isBiasFileOutputActive() : PLMD::ves::VesBias
• isBiasOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isCompulsory() : PLMD::Keywords::KeyType
• isConstant() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• isCurrentlyActive() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• isDensity() : PLMD::multicolvar::Density, PLMD::multicolvar::DistanceFromContour, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• isDiagonal() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• isDriver() : PLMD::Keywords
• isDynamic() : PLMD::ves::TargetDistribution
• isDynamicTargetDistFileOutputActive() : PLMD::ves::VesBias
• Isend() : PLMD::Communicator
• isEnergyNeeded() : PLMD::Atoms
• isExtraCVNeeded() : PLMD::Atoms, PLMD::MDAtomsBase, PLMD::MDAtomsTyped< T >
• isFesFileOutputActive() : PLMD::ves::VesBias
• isFesOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isFesProjFileOutputActive() : PLMD::ves::VesBias
• isFesProjOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isFlag() : PLMD::Keywords::KeyType
• isGenericCoeffs() : PLMD::ves::CoeffsBase
• isInfixOperator() : PLMD::lepton::Operation::Add, PLMD::lepton::Operation::Divide, PLMD::lepton::Operation, PLMD::lepton::Operation::Multiply, PLMD::lepton::Operation::Power, PLMD::lepton::Operation::PowerConstant, PLMD::lepton::Operation::Subtract
• isIterationCounterActive() : PLMD::ves::CoeffsBase
• isLinearBasisSetCoeffs() : PLMD::ves::CoeffsBase
• isMultiLinearBasisSetCoeffs() : PLMD::ves::CoeffsBase
• isNotPeriodic() : PLMD::HistogramBead
• isOpen() : PLMD::FileBase
• isOptional() : PLMD::Keywords::KeyType
• isOptionOn() : PLMD::Action
• isOrthorombic() : PLMD::Pbc
• isPeriodic() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix, PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase, PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase, PLMD::analysis::AnalysisBase, PLMD::analysis::Average, PLMD::analysis::Histogram, PLMD::crystallization::CubicHarmonicBase, PLMD::crystallization::EnvironmentSimilarity, PLMD::crystallization::InterMolecularTorsions, PLMD::crystallization::OrientationSphere, PLMD::crystallization::VectorMultiColvar, PLMD::gridtools::ActionWithIntegral, PLMD::gridtools::ContourFindingBase, PLMD::gridtools::ConvertToFES, PLMD::gridtools::FindContour, PLMD::gridtools::FourierTransform, PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::gridtools::InterpolateGrid, PLMD::HistogramBead, PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase, PLMD::mapping::Mapping, PLMD::multicolvar::AlphaBeta, PLMD::multicolvar::Angles, PLMD::multicolvar::Bridge, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::CoordinationNumbers, PLMD::multicolvar::Density, PLMD::multicolvar::DihedralCorrelation, PLMD::multicolvar::DistanceFromContour, PLMD::multicolvar::Distances, PLMD::multicolvar::InPlaneDistances, PLMD::multicolvar::LocalAverage, PLMD::multicolvar::MultiColvarCombine, PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity, PLMD::multicolvar::MultiColvarProduct, PLMD::multicolvar::NumberOfLinks, PLMD::multicolvar::Torsions, PLMD::multicolvar::XAngles, PLMD::multicolvar::XDistances, PLMD::multicolvar::XYDistances, PLMD::multicolvar::XYTorsion, PLMD::pamm::HBPammHydrogens, PLMD::pamm::PAMM, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD, PLMD::Value, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• isReduced() : PLMD::LatticeReduction
• isReduced2() : PLMD::LatticeReduction
• isRescaledToBias() : PLMD::BiasRepresentation
• isReweightFactorCalculated() : PLMD::ves::VesBias
• isSet() : PLMD::Pbc
• isSP2() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• isStatic() : PLMD::ves::TargetDistribution
• isStaticTargetDistFileOutputActive() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::VesBias
• isSymmetric() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel, PLMD::lepton::Operation::Add, PLMD::lepton::Operation, PLMD::lepton::Operation::Multiply, PLMD::Matrix< T >, PLMD::ves::CoeffsMatrix
• isTargetDistGridShiftedToZero() : PLMD::ves::TargetDistribution
• isTargetDistOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isTargetDistProjOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isTerminalGroup() : PLMD::MolDataClass
• isVessel() : PLMD::Keywords::KeyType
• isVirtualAtom() : PLMD::Atoms
• isWhole() : PLMD::GenericMolInfo