Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

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- f -

• f : PLMD::MDAtomsTyped< T >, PLMD::molfile::md_file, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• F1dim() : PLMD::F1dim< FCLASS >
• f_size : PLMD::molfile::trx_hdr, PLMD::xdrfile::t_trnheader
• fa : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >, PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• fa_max_stride_ : PLMD::bias::MetaD
• fa_min_acceleration_ : PLMD::bias::MetaD
• fa_update_frequency_ : PLMD::bias::MetaD
• fact : PLMD::Random
• fadefact : PLMD::mapping::AdaptivePath
• fake_arg_names : PLMD::ReferenceConfiguration
• fake_atom_numbers : PLMD::ReferenceConfiguration
• fake_data : PLMD::analysis::ReadDissimilarityMatrix
• fake_der : PLMD::F1dim< FCLASS >
• fake_metric : PLMD::ReferenceConfiguration
• fake_refargs : PLMD::ReferenceConfiguration
• fake_refatoms : PLMD::ReferenceConfiguration
• FakeFrame() : PLMD::FakeFrame
• FarthestPointSampling() : PLMD::analysis::FarthestPointSampling
• fast : PLMD::OptimalRMSD
• fastpow() : PLMD::Tools
• fastrational : PLMD::SwitchingFunction
• fb : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >, PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• fbox : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• fc : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• Fccubic() : PLMD::crystallization::Fccubic
• fclose() : PLMD::Action, PLMD::PlumedMain
• fcp : PLMD::Subprocess
• fermi : PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• fermi_exp_max_ : PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• fermi_lambda_ : PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• FermiSwitchingFunction() : PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• fes_file_fmt_ : PLMD::ves::VesBias
• fes_filename_ : PLMD::ves::VesBias
• fes_fileoutput_active_ : PLMD::ves::VesBias
• fes_grid_pntr_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::TargetDistribution
• fes_output_active_ : PLMD::ves::Optimizer
• fes_output_stride_ : PLMD::ves::Optimizer
• fes_var_lepton_ref_ : PLMD::ves::TD_Custom
• fes_var_str_ : PLMD::ves::TD_Custom
• fesGridNeeded() : PLMD::ves::TargetDistribution
• fesproj_fileoutput_active_ : PLMD::ves::VesBias
• fesproj_output_active_ : PLMD::ves::Optimizer
• fesproj_output_stride_ : PLMD::ves::Optimizer
• FesWeight() : PLMD::ves::FesWeight
• FF_rank : PLMD::isdb::SAXS
• FF_value : PLMD::isdb::SAXS
• FF_value_mixed : PLMD::isdb::SAXS
• FF_value_mixed_D : PLMD::isdb::SAXS
• FF_value_mixed_H : PLMD::isdb::SAXS
• FF_value_solv : PLMD::isdb::SAXS
• FF_value_solv_H : PLMD::isdb::SAXS
• FF_value_vacuum : PLMD::isdb::SAXS
• FF_value_vacuum_D : PLMD::isdb::SAXS
• FF_value_vacuum_H : PLMD::isdb::SAXS
• FFf_value : PLMD::isdb::SAXS
• ffict : PLMD::bias::ExtendedLagrangian, PLMD::logmfd::LogMFD
• fflush() : PLMD::Action, PLMD::PlumedMain
• fframes : PLMD::mapping::Mapping
• fib_increment : PLMD::gridtools::GridVessel
• fib_nlist : PLMD::gridtools::GridVessel
• fib_offset : PLMD::gridtools::GridVessel
• fib_shift : PLMD::gridtools::GridVessel
• fibonacci : PLMD::gridtools::GridVessel
• fict : PLMD::bias::ExtendedLagrangian, PLMD::logmfd::LogMFD
• fict_ave : PLMD::logmfd::LogMFD
• fict_max : PLMD::logmfd::LogMFD
• fict_min : PLMD::logmfd::LogMFD
• fictValue : PLMD::bias::ExtendedLagrangian, PLMD::logmfd::LogMFD
• Field() : PLMD::IFile::Field
• field_iteration_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• field_ncoeffs_total_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• field_ndimensions_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• field_shape_prefix_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• field_time_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• field_type_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• FieldBase() : PLMD::FileBase::FieldBase
• fieldChanged : PLMD::OFile
• FieldExist() : PLMD::IFile
• fieldFmt : PLMD::OFile
• fields : PLMD::IFile, PLMD::OFile
• file : PLMD::analysis::Committor, PLMD::Exception::Location, PLMD::generic::DumpDerivatives, PLMD::generic::DumpForces, PLMD::generic::DumpMassCharge, PLMD::generic::DumpProjections, PLMD::generic::Print
• FileBase() : PLMD::FileBase
• FileExist() : PLMD::FileBase
• filename : PLMD::adjmat::DumpGraph, PLMD::analysis::OutputColvarFile, PLMD::analysis::OutputPDBFile, PLMD::dimred::OutputPCAProjection, PLMD::generic::Read, PLMD::gridtools::GridPrintingBase
• filename_extension : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• filenames : PLMD::function::FilesHandler
• filenames_have_iteration_number_ : PLMD::ves::VesBias
• filenamesIncludeIterationNumber() : PLMD::ves::VesBias
• files : PLMD::Action, PLMD::PlumedMain
• FilesHandler() : PLMD::function::FilesHandler
• fillGridFromMaps() : PLMD::ves::WaveletGrid
• filter : PLMD::multicolvar::MultiColvarFilter
• FilterBetween() : PLMD::multicolvar::FilterBetween
• FilterLess() : PLMD::multicolvar::FilterLess
• FilterMore() : PLMD::multicolvar::FilterMore
• filtersUsedAsInput() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• final_value : PLMD::vesselbase::ValueVessel
• final_value_ptr : PLMD::vesselbase::ValueVessel
• final_weights : PLMD::bias::ReweightWham
• finalForces : PLMD::analysis::Histogram, PLMD::gridtools::GridVessel
• finalize : plumed_plumedmain_function_holder_x
• finalTransform() : PLMD::mapping::ZpathVessel, PLMD::vesselbase::AltMin, PLMD::vesselbase::FunctionVessel, PLMD::vesselbase::Max, PLMD::vesselbase::Min
• findAction() : PLMD::DataFetchingObject
• findCell() : PLMD::LinkCells
• FindContour() : PLMD::gridtools::FindContour
• findContour() : PLMD::gridtools::ContourFindingBase
• FindContourSurface() : PLMD::gridtools::FindContourSurface
• findCvsAndPeriodic() : PLMD::cltools::CLToolSumHills
• findField() : PLMD::IFile, PLMD::OFile
• findKeyword() : PLMD::Tools
• findMaximalPathMinimum() : PLMD::GridBase
• findMyCell() : PLMD::LinkCells
• findSetOfPointsOnContour() : PLMD::Grid
• FindSphericalContour() : PLMD::gridtools::FindSphericalContour
• findTempIndex() : PLMD::lepton::CompiledExpression
• finish() : PLMD::crystallization::GradientVessel, PLMD::crystallization::VectorMean, PLMD::crystallization::VectorSum, PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::gridtools::HistogramOnGrid, PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel, PLMD::vesselbase::AveragingVessel, PLMD::vesselbase::BridgeVessel, PLMD::vesselbase::FunctionVessel, PLMD::vesselbase::Moments, PLMD::vesselbase::OrderingVessel, PLMD::vesselbase::ShortcutVessel, PLMD::vesselbase::StoreDataVessel, PLMD::vesselbase::Vessel
• finishAveraging() : PLMD::analysis::Average, PLMD::analysis::Histogram, PLMD::gridtools::FindContour, PLMD::gridtools::FindContourSurface, PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• finishComputations() : PLMD::gridtools::ConvertToFES, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• finishDataGrab() : PLMD::DataFetchingObject, PLMD::DataFetchingObjectTyped< T >
• finished_read : PLMD::vesselbase::Vessel
• finishMatrixSetup() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• finishPackSetup() : PLMD::mapping::Mapping
• first : PLMD::generic::DumpMassCharge, PLMD::generic::Plumed, PLMD::vatom::Center
• first_bias_ : PLMD::isdb::Rescale
• first_status_ : PLMD::isdb::EMMI
• first_step_ : PLMD::maze::Optimizer
• first_time_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::maze::Optimizer
• first_time_w_ : PLMD::isdb::EMMI
• firstPosClose : PLMD::colvar::PathMSDBase
• firstStepFlag : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• firstTime : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• firsttime : PLMD::bias::ExtendedLagrangian, PLMD::colvar::CoordinationBase, PLMD::gridtools::FindContour, PLMD::gridtools::FindContourSurface, PLMD::logmfd::LogMFD, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::s2cm::S2ContactModel
• firstTimeW : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• FISST() : PLMD::fisst::FISST
• FitToTemplate() : PLMD::generic::FitToTemplate
• fixed_sigma_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• fixed_stepsize_ : PLMD::ves::Optimizer
• FixedAtom() : PLMD::vatom::FixedAtom
• fixedn : PLMD::mapping::AdaptivePath
• fixedStepSize() : PLMD::ves::Optimizer
• flag : PLMD::Keywords::KeyType
• flags : PLMD::PDB, PLMD::TypesafePtr, plumed_safeptr, plumed_safeptr_x
• flat : PLMD::gridtools::GridVessel
• flexbin_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD
• FlexibleBin() : PLMD::FlexibleBin
• flog : PLMD::logmfd::LogMFD
• FLOOR : PLMD::lepton::Operation
• Floor() : PLMD::lepton::Operation::Floor
• Flush() : PLMD::generic::Flush
• flush() : PLMD::FileBase, PLMD::OFile, PLMD::Subprocess
• flying_ : PLMD::bias::MetaD
• fmass : PLMD::piv::PIV
• fmin : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• fmt : PLMD::analysis::Committor, PLMD::analysis::OutputColvarFile, PLMD::analysis::OutputPDBFile, PLMD::analysis::PrintDissimilarityMatrix, PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::dimred::OutputPCAProjection, PLMD::dimred::PCA, PLMD::function::FuncSumHills, PLMD::generic::DumpDerivatives, PLMD::generic::DumpForces, PLMD::generic::DumpProjections, PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift, PLMD::generic::Print, PLMD::gridtools::GridPrintingBase, PLMD::molfile::md_file
• fmt_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST, PLMD::GridBase
• fmt_gro_box : PLMD::generic::DumpAtoms
• fmt_gro_pos : PLMD::generic::DumpAtoms
• fmt_xyz : PLMD::generic::DumpAtoms, PLMD::gridtools::FindContour, PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar
• fmtField() : PLMD::OFile
• fname : PLMD::analysis::PrintDissimilarityMatrix, PLMD::analysis::ReadDissimilarityMatrix
• fopen() : PLMD::Action, PLMD::PlumedMain
• force_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• force_normalization_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• force_weight_ : PLMD::fisst::FISST
• forcedNormalization() : PLMD::ves::TargetDistribution
• forceOnEnergy : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::Atoms
• forceOnExtraCV : PLMD::ActionAtomistic
• forces : PLMD::ActionAtomistic, PLMD::Atoms, PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift, PLMD::generic::Plumed, PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::mapping::PCAVars, PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• forces_ : PLMD::fisst::FISST
• forcesHaveBeenSet : PLMD::Atoms
• forcesToApply : PLMD::analysis::Histogram, PLMD::gridtools::ActionWithIntegral, PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::mapping::Mapping, PLMD::mapping::PCAVars, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• foreignDeltaBias : PLMD::GREX
• ForwardDecl() : PLMD::ForwardDecl< T >
• foundoneclose : PLMD::mapping::SpathVessel
• foundprint : PLMD::gridtools::GridVessel
• fourier_params : PLMD::gridtools::FourierTransform
• FourierTransform() : PLMD::gridtools::FourierTransform
• fp : PLMD::FileBase, PLMD::xdrfile::XDRFILE
• fpc : PLMD::Subprocess
• fpcp : PLMD::Subprocess
• fppc : PLMD::Subprocess
• fractional : PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• frag2enum() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• freq_adaptive_ : PLMD::bias::MetaD
• FretEfficiency() : PLMD::isdb::FretEfficiency
• friction : PLMD::bias::ExtendedLagrangian
• fromSafePtr() : PLMD::TypesafePtr
• fromString() : PLMD::Random
• ftargets : PLMD::dimred::SketchMapBase
• ftilde_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• ftype : PLMD::MultiDomainRMSD
• fullatomlist_ : PLMD::NeighborList
• fullList : PLMD::Atoms
• fullSearch() : PLMD::Pbc
• fullSize() : PLMD::DynamicList< T >
• fullTaskList : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• func : PLMD::F1dim< FCLASS >, PLMD::function::Custom
• funcname : PLMD::GridBase
• FuncPathGeneral() : PLMD::function::FuncPathGeneral
• FuncPathMSD() : PLMD::function::FuncPathMSD
• FuncSumHills() : PLMD::function::FuncSumHills
• Function() : PLMD::function::Function, PLMD::lepton::ParseToken
• function : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel, PLMD::lepton::Operation::Custom
• functions : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel, plumed_symbol_table_type_x
• FunctionVessel : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel, PLMD::vesselbase::FunctionVessel
• Funnel() : PLMD::funnel::Funnel
• FUNNEL_PS() : PLMD::funnel::FUNNEL_PS
• fusionPoreExpansionP() : PLMD::membranefusion::fusionPoreExpansionP
• fusionPoreNucleationP() : PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP
• Fvol : PLMD::piv::PIV
• fx : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• fy : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• fz : PLMD::MDAtomsTyped< T >