Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

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Z

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- d -

• D : PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::membranefusion::fusionPoreExpansionP
• d : PLMD::RMSDCoreData, PLMD::SwitchingFunction, PLMD::TensorGeneric< n, m >, PLMD::VectorGeneric< n >
• d0 : PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::SwitchingFunction
• DA_3TE : PLMD::isdb::SAXS
• DA_5TE : PLMD::isdb::SAXS
• DA_BB1 : PLMD::isdb::SAXS
• DA_BB2 : PLMD::isdb::SAXS
• DA_BB3 : PLMD::isdb::SAXS
• DA_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• DA_SC2 : PLMD::isdb::SAXS
• DA_SC3 : PLMD::isdb::SAXS
• DA_SC4 : PLMD::isdb::SAXS
• DA_TE3 : PLMD::isdb::SAXS
• DA_TE5 : PLMD::isdb::SAXS
• dampfactor_ : PLMD::bias::MetaD
• damping_off_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• Data() : PLMD::Communicator::Data
• data : PLMD::DataFetchingObjectTyped< T >, PLMD::dimred::SketchMapRead, PLMD::Matrix< T >, PLMD::molfile::molfile_graphics_t, PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::CoeffsVector, PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• data_label_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• database : PLMD::molfile::molfile_metadata_t
• dataCanBeSet : PLMD::Atoms
• dataCnt : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• dataDsp : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• DataFetchingObject() : PLMD::DataFetchingObject
• DataFetchingObjectTyped() : PLMD::DataFetchingObjectTyped< T >
• dataname : PLMD::molfile::molfile_volumetric_t
• dataR : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• dataS : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• date : PLMD::molfile::molfile_metadata_t
• db : PLMD::isdb::CS2Backbone
• dbi : PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• DC_3TE : PLMD::isdb::SAXS
• DC_5TE : PLMD::isdb::SAXS
• DC_BB1 : PLMD::isdb::SAXS
• DC_BB2 : PLMD::isdb::SAXS
• DC_BB3 : PLMD::isdb::SAXS
• DC_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• DC_SC2 : PLMD::isdb::SAXS
• DC_SC3 : PLMD::isdb::SAXS
• DC_TE3 : PLMD::isdb::SAXS
• DC_TE5 : PLMD::isdb::SAXS
• dcenter_cos : PLMD::vatom::Center
• dcenter_sin : PLMD::vatom::Center
• dcross : PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• dcrossDv1 : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• dcrossDv2 : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• dd : PLMD::Atoms
• ddist_drotation : PLMD::RMSDCoreData
• ddist_drr01 : PLMD::RMSDCoreData
• ddistdpos : PLMD::generic::FitToTemplate
• DDistDRef : PLMD::generic::FitToTemplate
• ddStep : PLMD::Atoms
• deactivate() : PLMD::Action, PLMD::DynamicList< T >, PLMD::ves::CoeffsBase
• deactivate_task() : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
• deactivateAll() : PLMD::DynamicList< T >
• deactivateAllAtoms() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
• deactivateAllTasks() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• Debug() : PLMD::generic::Debug
• debugClose : PLMD::colvar::PathMSDBase
• decay_constant_ : PLMD::ves::Opt_RobbinsMonroSGD
• decay_w_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• decaying_aver_tau_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• decodeIndexToAtoms() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• decoder : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• decrease_probability() : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• decreaseReferenceCounter() : PLMD::PlumedMain
• defaults : PLMD::Action
• delete_reference : plumed_symbol_table_type_x
• DELTA : PLMD::lepton::Operation
• Delta() : PLMD::lepton::Operation::Delta
• delta : PLMD::VectorGeneric< n >
• delta_g_ref : PLMD::colvar::EEFSolv
• delta_kernels_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• delta_t : PLMD::logmfd::LogMFD
• deltaF_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• deltaF_name_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• deltaF_size_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• deltaFsOfile_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• DeltaG : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• DeltaGValues : PLMD::sasa::SASA_HASEL, PLMD::sasa::SASA_LCPO
• Density() : PLMD::multicolvar::Density
• Dependencies : PLMD::Action
• der_ : PLMD::Grid, PLMD::SparseGrid
• der_list : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• der_prob_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• derECVs_ : PLMD::opes::ECVcustom, PLMD::opes::ECVlinear, PLMD::opes::ECVmultiThermal, PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine, PLMD::opes::OPESexpanded
• derECVs_beta_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• derECVs_pres_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• deriNorm : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• deriv_poly() : PLMD::crystallization::Steinhardt
• derivatives : PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::MultiValue, PLMD::Value, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• derivativesAreRequired() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• derivOrder : PLMD::lepton::Operation::Custom
• derivs : PLMD::colvar::ERMSD, PLMD::multicolvar::CatomPack
• derivs_s : PLMD::colvar::PathMSDBase
• derivs_z : PLMD::colvar::PathMSDBase
• derivTime : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• dertime : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• dertime_can_be_off : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• description() : PLMD::analysis::AverageVessel, PLMD::CLTool, PLMD::cltools::CLTool, PLMD::cltools::CLToolSumHills, PLMD::cltools::Completion, PLMD::cltools::Driver< real >, PLMD::cltools::GenExample, PLMD::cltools::GenJson, PLMD::cltools::GenTemplate, PLMD::cltools::Info, PLMD::cltools::kt, PLMD::cltools::Manual, PLMD::cltools::PdbRenumber, PLMD::cltools::PesMD, PLMD::cltools::SimpleMD, PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::HistogramBead, PLMD::mapping::PathTools, PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel, PLMD::SwitchingFunction, PLMD::ves::FermiSwitchingFunction, PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES, PLMD::vesselbase::BridgeVessel, PLMD::vesselbase::Moments, PLMD::vesselbase::ShortcutVessel, PLMD::vesselbase::StoreDataVessel, PLMD::vesselbase::ValueVessel, PLMD::vesselbase::Vessel
• description_ : PLMD::ves::BasisFunctions, PLMD::ves::Optimizer
• destroyData() : PLMD::Keywords
• detailedTimers : PLMD::generic::Debug, PLMD::PlumedMain
• determinant() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• deuter_conc : PLMD::isdb::SAXS
• deviceid : PLMD::isdb::SAXS
• dexp_ : PLMD::isdb::EMMI
• dfframes : PLMD::mapping::Mapping
• DFSClustering() : PLMD::adjmat::DFSClustering
• Dftilde_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• DG_3TE : PLMD::isdb::SAXS
• DG_5TE : PLMD::isdb::SAXS
• DG_BB1 : PLMD::isdb::SAXS
• DG_BB2 : PLMD::isdb::SAXS
• DG_BB3 : PLMD::isdb::SAXS
• DG_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• DG_SC2 : PLMD::isdb::SAXS
• DG_SC3 : PLMD::isdb::SAXS
• DG_SC4 : PLMD::isdb::SAXS
• DG_TE3 : PLMD::isdb::SAXS
• DG_TE5 : PLMD::isdb::SAXS
• DHEnergy() : PLMD::colvar::DHEnergy
• diag : PLMD::Pbc
• diagMat : PLMD::Matrix< T >
• diagMatSym : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• diagonal : PLMD::KernelFunctions
• diagonal_ : PLMD::ves::CoeffsMatrix, PLMD::ves::TD_Gaussian
• diagonal_hessian_ : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• diagonalHessian() : PLMD::ves::Optimizer, PLMD::ves::VesBias
• diff_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• difference() : PLMD::ActionWithArguments, PLMD::HistogramBead, PLMD::Value
• differences_ : PLMD::eds::EDS
• differentiate() : PLMD::lepton::Operation::Abs, PLMD::lepton::Operation::Acos, PLMD::lepton::Operation::Add, PLMD::lepton::Operation::AddConstant, PLMD::lepton::Operation::Asin, PLMD::lepton::Operation::Atan2, PLMD::lepton::Operation::Atan, PLMD::lepton::Operation::Ceil, PLMD::lepton::Operation::Constant, PLMD::lepton::Operation::Cos, PLMD::lepton::Operation::Cosh, PLMD::lepton::Operation::Cot, PLMD::lepton::Operation::Csc, PLMD::lepton::Operation::Cube, PLMD::lepton::Operation::Custom, PLMD::lepton::Operation::Delta, PLMD::lepton::Operation, PLMD::lepton::Operation::Divide, PLMD::lepton::Operation::Erf, PLMD::lepton::Operation::Erfc, PLMD::lepton::Operation::Exp, PLMD::lepton::Operation::Floor, PLMD::lepton::Operation::Log, PLMD::lepton::Operation::Max, PLMD::lepton::Operation::Min, PLMD::lepton::Operation::Multiply, PLMD::lepton::Operation::MultiplyConstant, PLMD::lepton::Operation::Nandelta, PLMD::lepton::Operation::Negate, PLMD::lepton::Operation::Power, PLMD::lepton::Operation::PowerConstant, PLMD::lepton::Operation::Reciprocal, PLMD::lepton::Operation::Sec, PLMD::lepton::Operation::Select, PLMD::lepton::Operation::Sin, PLMD::lepton::Operation::Sinh, PLMD::lepton::Operation::Sqrt, PLMD::lepton::Operation::Square, PLMD::lepton::Operation::Step, PLMD::lepton::Operation::Subtract, PLMD::lepton::Operation::Tan, PLMD::lepton::Operation::Tanh, PLMD::lepton::Operation::Variable, PLMD::lepton::ParsedExpression
• diffusion : PLMD::FlexibleBin
• diffweight : PLMD::vesselbase::FunctionVessel
• DihedralCorrelation() : PLMD::multicolvar::DihedralCorrelation
• dij : PLMD::multicolvar::Bridge
• dik : PLMD::multicolvar::Bridge
• dim : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• dim_string_prefix : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• dimension : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix, PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >, PLMD::drr::UIestimator::UIestimator, PLMD::gridtools::GridVessel
• dimension_ : PLMD::GridBase, PLMD::ves::TargetDistribution
• dimension_labels_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• DimensionalityReductionBase() : PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase
• Dimer() : PLMD::colvar::Dimer
• dimredbase : PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase
• Dipole() : PLMD::colvar::Dipole
• dir : PLMD::F1dim< FCLASS >, PLMD::multicolvar::DistanceFromContour, PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder
• dir_n : PLMD::gridtools::FindContourSurface
• direct : PLMD::piv::PIV
• Direction() : PLMD::Direction, PLMD::ReferenceArguments, PLMD::ReferenceAtoms
• direction : PLMD::gridtools::FindContourSurface
• directions : PLMD::dimred::PCA, PLMD::mapping::PCAVars, PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• directory : PLMD::generic::Plumed
• DirectoryChanger() : PLMD::Tools::DirectoryChanger
• dirv : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• dirv2 : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• disableBiasFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• disabled : PLMD::ActionRegister, PLMD::CLToolRegister
• disableDynamicTargetDistFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• disableDynamicTargetDistribution() : PLMD::ves::VesBias
• disableFesFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• disableFesFileProjOutput() : PLMD::ves::VesBias
• disableHessian() : PLMD::ves::VesBias
• disableStaticTargetDistFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• discrete : PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• disp_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• displace : PLMD::funnel::FUNNEL_PS, PLMD::ReferenceAtoms, PLMD::RMSD, PLMD::RMSDCoreData
• displacement : PLMD::mapping::AdaptivePath, PLMD::ReferenceValuePack
• displacement2 : PLMD::mapping::AdaptivePath
• displaceReferenceArguments() : PLMD::ReferenceArguments
• displaceReferenceAtoms() : PLMD::ReferenceAtoms
• displaceReferenceConfiguration() : PLMD::ReferenceConfiguration
• dissimilarities : PLMD::analysis::EuclideanDissimilarityMatrix, PLMD::analysis::ReadDissimilarityMatrix
• dissimilaritiesWereSet() : PLMD::analysis::AnalysisBase, PLMD::analysis::EuclideanDissimilarityMatrix, PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames, PLMD::analysis::ReadDissimilarityMatrix
• dist : PLMD::RMSDCoreData
• dist_ : PLMD::maze::Random_Acceleration_MD
• Distance() : PLMD::colvar::Distance
• distance : PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath, PLMD::Pbc, PLMD::ReferenceConfiguration
• distance_ : PLMD::NeighborList
• DistanceFromContour() : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• distanceIsMSD : PLMD::RMSDCoreData
• distanceOHSwitch : PLMD::adjmat::HBondMatrix
• distanceOOSwitch : PLMD::adjmat::HBondMatrix
• Distances() : PLMD::multicolvar::Distances
• distances : PLMD::dimred::SketchMapBase
• distder : PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
• distGrid_ : PLMD::ves::TD_Grid
• distribution_pntrs_ : PLMD::ves::TD_LinearCombination, PLMD::ves::TD_ProductCombination, PLMD::ves::TD_ProductDistribution
• distribution_x_y : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• DIVIDE : PLMD::lepton::Operation
• Divide() : PLMD::lepton::Operation::Divide
• dlbi : PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• dlcross : PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• DLLoader() : PLMD::DLLoader
• dlloader : PLMD::PlumedMain
• dlloader_fwd : PLMD::PlumedMain
• dlopen() : PLMD::PlumedHandle
• dlperp : PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• dmax : PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::SwitchingFunction
• dmax2 : PLMD::colvar::GHBFIX
• dmax_2 : PLMD::SwitchingFunction
• dmax_squared : PLMD::colvar::GHBFIX
• do_central : PLMD::function::Ensemble
• do_cosine : PLMD::colvar::Torsion
• do_moments : PLMD::function::Ensemble
• do_optsigmamean_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• do_pair_ : PLMD::NeighborList
• do_pbc_ : PLMD::NeighborList
• do_pf_ : PLMD::bias::PBMetaD
• do_powers : PLMD::function::Ensemble
• do_rational() : PLMD::SwitchingFunction
• do_regression_zero() : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• do_reweight : PLMD::function::Ensemble
• do_reweight_ : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• do_select_ : PLMD::bias::PBMetaD
• do_svd() : PLMD::isdb::RDC
• do_transf_ : PLMD::ves::BF_Custom
• doAccept() : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Rescale
• doCheckPoint : PLMD::Action, PLMD::PlumedMain
• docmdist : PLMD::colvar::ContactMap
• docomp : PLMD::colvar::ContactMap
• doCoreCalc() : PLMD::RMSDCoreData
• doCoreCalcWithCloseStructure() : PLMD::RMSDCoreData
• documentation : PLMD::Keywords
• docylinder : PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder
• doemst : PLMD::generic::WholeMolecules
• Doffset_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• doInt : PLMD::function::FuncSumHills
• doInt_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::BiasRepresentation
• doJobsRequiredBeforeTaskList() : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase, PLMD::multicolvar::MultiColvarFilter, PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• domain : PLMD::analysis::AverageVessel
• DomainDecomposition() : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• domains : PLMD::function::FuncPathGeneral, PLMD::MultiDomainRMSD
• doMonteCarlo() : PLMD::isdb::EMMI, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase, PLMD::isdb::Rescale
• done_average : PLMD::bias::MaxEnt
• doneigh : PLMD::piv::PIV
• doNotAllowBiasCutoff() : PLMD::ves::TargetDistribution
• doNotCalculateDerivatives() : PLMD::ActionWithValue, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• doNotCalculateDirector() : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• doNotForce() : PLMD::ActionAtomistic
• donotforce : PLMD::ActionAtomistic
• doNotRetrieve() : PLMD::ActionAtomistic
• donotretrieve : PLMD::ActionAtomistic
• doNotStop : PLMD::analysis::Committor
• dooffset_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• doParseOnly : PLMD::PlumedMain
• doratio : PLMD::isdb::PRE
• doregres_zero_ : PLMD::isdb::Caliber, PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• doRegression() : PLMD::isdb::EMMI
• doscale_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• doscore_ : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• doSearch() : PLMD::RootFindingBase< FCLASS >
• dosort : PLMD::piv::PIV
• dospline_ : PLMD::GridBase
• dosum : PLMD::colvar::ContactMap
• dotProduct : PLMD::VectorGeneric< n >
• DotProductDistance() : PLMD::DotProductDistance
• double2MD() : PLMD::Atoms, PLMD::MDAtomsBase, PLMD::MDAtomsTyped< T >
• dox : PLMD::multicolvar::VolumeAround
• doy : PLMD::multicolvar::VolumeAround
• doz : PLMD::multicolvar::VolumeAround
• dpcutoff_ : PLMD::isdb::EMMI
• dperp : PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• Driver() : PLMD::cltools::Driver< real >
• DRMSD() : PLMD::colvar::DRMSD, PLMD::DRMSD
• drmsd_ : PLMD::colvar::DRMSD
• drotation_drr01 : PLMD::RMSDCoreData
• drotationPosCloseDrr01 : PLMD::colvar::PathMSDBase
• DRotDPos : PLMD::ReferenceValuePack
• drotdpos : PLMD::generic::FitToTemplate
• DS : PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP
• Dscale_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• dscale_ : PLMD::isdb::EMMI
• dsigma : PLMD::colvar::Dimer
• Dsigma_ : PLMD::isdb::Metainference, PLMD::isdb::MetainferenceBase
• dsigma_ : PLMD::isdb::EMMI
• dsigmas : PLMD::colvar::Dimer
• DSMEM : PLMD::membranefusion::fusionPoreExpansionP, PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP, PLMD::membranefusion::memFusionP
• DT_3TE : PLMD::isdb::SAXS
• DT_5TE : PLMD::isdb::SAXS
• DT_BB1 : PLMD::isdb::SAXS
• DT_BB2 : PLMD::isdb::SAXS
• DT_BB3 : PLMD::isdb::SAXS
• DT_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• DT_SC2 : PLMD::isdb::SAXS
• DT_SC3 : PLMD::isdb::SAXS
• DT_TE3 : PLMD::isdb::SAXS
• DT_TE5 : PLMD::isdb::SAXS
• dtargets : PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase, PLMD::dimred::SketchMapBase
• dtype : PLMD::KernelFunctions
• dummyVariables : PLMD::lepton::CompiledExpression
• DumpAtoms() : PLMD::generic::DumpAtoms
• DumpCube() : PLMD::gridtools::DumpCube
• DumpDerivatives() : PLMD::generic::DumpDerivatives
• DumpForces() : PLMD::generic::DumpForces
• DumpGraph() : PLMD::adjmat::DumpGraph
• DumpGrid : PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid, PLMD::gridtools::DumpGrid, PLMD::gridtools::GridVessel
• DumpMassCharge() : PLMD::generic::DumpMassCharge
• DumpMultiColvar() : PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar
• DumpProjections() : PLMD::generic::DumpProjections
• dumpStateToFile() : PLMD::opes::OPESexpanded, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• dvar : PLMD::isdb::Caliber
• dx : PLMD::gridtools::GridVessel, PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• dx_ : PLMD::GridBase
• dynamic_targetdist : PLMD::ves::TargetDistribution
• dynamic_targetdist_ : PLMD::ves::VesBias
• dynamic_targetdist_fileoutput_active_ : PLMD::ves::VesBias
• dynamic_targetdists_ : PLMD::ves::Optimizer
• DynamicList() : PLMD::DynamicList< T >
• dynamicStepSize() : PLMD::ves::Optimizer
• dynamicTargetDistribution() : PLMD::ves::VesBias