Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

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O

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U

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W

X

Y

Z

_

~

- b -

• B : PLMD::colvar::GHBFIX, PLMD::molfile::md_box, PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• b : PLMD::SwitchingFunction
• b1 : PLMD::crystallization::Fccubic
• b_adaptive_ : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• b_c_values_ : PLMD::eds::EDS
• b_covar_ : PLMD::eds::EDS
• b_equil_ : PLMD::eds::EDS
• b_first_restart_sample_ : PLMD::fisst::FISST
• b_freeze_ : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• b_lm_ : PLMD::eds::EDS
• b_ramp_ : PLMD::eds::EDS
• b_restart_ : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• b_update_virial_ : PLMD::eds::EDS
• b_virial_ : PLMD::eds::EDS
• b_weights_ : PLMD::eds::EDS
• b_write_observable_ : PLMD::fisst::FISST
• b_write_restart_ : PLMD::eds::EDS, PLMD::fisst::FISST
• back_prop() : PLMD::function::annfunc::ANN
• backmap : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• backstring : PLMD::OFile
• backup : PLMD::logmfd::LogMFD
• backupAllFiles() : PLMD::OFile
• backupFile() : PLMD::OFile
• backwardPropagate() : PLMD::PlumedMain
• bandwidths : PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• Barrier() : PLMD::Communicator
• barrier_ : PLMD::opes::ECVcustom, PLMD::opes::ECVumbrellasFile, PLMD::opes::ECVumbrellasLine
• BASE_A : PLMD::isdb::SAXS
• BASE_C : PLMD::isdb::SAXS
• BASE_G : PLMD::isdb::SAXS
• BASE_T : PLMD::isdb::SAXS
• BASE_U : PLMD::isdb::SAXS
• basin : PLMD::analysis::Committor
• basis : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t, PLMD::molfile::molfile_qm_t
• basis_string : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• basisf_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• basisf_pntrs_ : PLMD::ves::BF_Combined, PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::VesLinearExpansion
• BasisFunctions() : PLMD::ves::BasisFunctions
• bb : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• BB_DNA : PLMD::isdb::SAXS
• BB_DNA_3 : PLMD::isdb::SAXS
• BB_DNA_5 : PLMD::isdb::SAXS
• BB_PO2 : PLMD::isdb::SAXS
• BB_RNA : PLMD::isdb::SAXS
• BB_RNA_3 : PLMD::isdb::SAXS
• BB_RNA_5 : PLMD::isdb::SAXS
• Bcast() : PLMD::Communicator
• bDouble : PLMD::xdrfile::t_trnheader
• bead : PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder
• beadrad : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• beforeUpdate() : PLMD::Action, PLMD::generic::UpdateIf
• beingread : PLMD::function::FilesHandler
• bessel0() : PLMD::Tools
• beta : PLMD::BiasWeight, PLMD::colvar::Dimer, PLMD::function::FuncSumHills, PLMD::molfile::md_box, PLMD::molfile::molfile_timestep_t, PLMD::PDB, PLMD::ProbWeight, PLMD::SwitchingFunction, PLMD::ves::FesWeight, PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::vesselbase::AltMin, PLMD::vesselbase::Max, PLMD::vesselbase::Min
• beta0_ : PLMD::opes::ECVcustom, PLMD::opes::ECVlinear
• beta_ : PLMD::fisst::FISST, PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::VesDeltaF
• beta_1_ : PLMD::ves::Opt_Adam
• beta_2_ : PLMD::ves::Opt_Adam
• beta_var_lepton_ref_ : PLMD::ves::TD_Custom
• beta_var_str_ : PLMD::ves::TD_Custom
• BetaReweightBias : PLMD::bias::MaxEnt
• betas_ : PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal
• Between() : PLMD::vesselbase::Between
• BF_Chebyshev() : PLMD::ves::BF_Chebyshev
• BF_Combined() : PLMD::ves::BF_Combined
• BF_Cosine() : PLMD::ves::BF_Cosine
• BF_CubicBsplines() : PLMD::ves::BF_CubicBsplines
• BF_Custom() : PLMD::ves::BF_Custom
• bf_derivs_expressions_ : PLMD::ves::BF_Custom
• bf_derivs_lepton_ref_ : PLMD::ves::BF_Custom
• BF_Fourier() : PLMD::ves::BF_Fourier
• BF_Gaussians() : PLMD::ves::BF_Gaussians
• bf_keywords_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• bf_label_prefix_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• bf_labels_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• BF_Legendre() : PLMD::ves::BF_Legendre
• bf_pntrs : PLMD::ves::OutputBasisFunctions
• BF_Powers() : PLMD::ves::BF_Powers
• BF_Sine() : PLMD::ves::BF_Sine
• bf_values : PLMD::ves::VesLinearExpansion
• bf_values_expressions_ : PLMD::ves::BF_Custom
• bf_values_lepton_ref_ : PLMD::ves::BF_Custom
• bf_values_set : PLMD::ves::VesLinearExpansion
• BF_Wavelets() : PLMD::ves::BF_Wavelets
• bfactor : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• bi : PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• Bias() : PLMD::bias::Bias
• bias : PLMD::PlumedMain
• bias_ : PLMD::isdb::Rescale, PLMD::maze::OptimizerBias
• bias_coeffs_pntr_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• bias_current_max_value : PLMD::ves::VesBias
• bias_cutoff_active_ : PLMD::ves::TargetDistribution, PLMD::ves::VesBias
• bias_cutoff_swfunc_pntr_ : PLMD::ves::VesBias
• bias_cutoff_value_ : PLMD::ves::VesBias
• bias_expansion_pntr_ : PLMD::ves::VesLinearExpansion
• bias_factor_ : PLMD::ves::TD_WellTempered
• bias_file_fmt_ : PLMD::ves::VesBias
• bias_filename_ : PLMD::ves::VesBias
• bias_fileoutput_active_ : PLMD::ves::VesBias
• bias_grid_pntr_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::TargetDistribution
• bias_output_active_ : PLMD::ves::Optimizer
• bias_output_stride_ : PLMD::ves::Optimizer
• bias_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer
• bias_prefactor_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• bias_withoutcutoff_grid_pntr_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::TargetDistribution
• BiasCoeffs() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• biasCutoffActive() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion, PLMD::ves::TargetDistribution, PLMD::ves::VesBias
• biases : PLMD::bias::MaxEnt, PLMD::function::annfunc::ANN, PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• biasf : PLMD::bias::MetaD::TemperingSpecs, PLMD::BiasRepresentation
• biasf_ : PLMD::bias::MetaD, PLMD::bias::PBMetaD, PLMD::isdb::Rescale
• biasfactor_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• Biasfile_ : PLMD::isdb::Rescale
• Biasfilename_ : PLMD::isdb::Rescale
• BiasGrid_ : PLMD::bias::External, PLMD::bias::MetaD, PLMD::BiasRepresentation, PLMD::funnel::Funnel
• biasGridNeeded() : PLMD::ves::TargetDistribution
• BiasGrids_ : PLMD::bias::PBMetaD
• biasing_direction_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• biasing_speed_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• biasing_stride_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• Biaspace_ : PLMD::isdb::Rescale
• biasrep : PLMD::function::FuncSumHills
• BiasRepresentation() : PLMD::BiasRepresentation
• Biasstride_ : PLMD::isdb::Rescale
• BiasValue() : PLMD::bias::BiasValue
• BiasWeight() : PLMD::BiasWeight
• biasWithoutCutoffGridNeeded() : PLMD::ves::TargetDistribution
• BinaryMap : PLMD::ves::WaveletGrid
• binw_mat : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• block1upper : PLMD::pamm::HBPammHydrogens
• block2lower : PLMD::pamm::HBPammHydrogens
• block_ends : PLMD::PDB
• blocks : PLMD::IntermolecularDRMSD, PLMD::IntramolecularDRMSD, PLMD::MultiDomainRMSD
• BondOrientation() : PLMD::crystallization::BondOrientation
• bookeeping : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• booldefs : PLMD::Keywords
• bound_ : PLMD::maze::Memetic
• bounds_set : PLMD::gridtools::GridVessel
• bounds_were_set : PLMD::DRMSD
• Box : PLMD::PDB
• box : PLMD::Atoms, PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift, PLMD::MDAtomsTyped< T >, PLMD::molfile::md_ts, PLMD::Pbc
• box_count : PLMD::isdb::CS2Backbone
• box_nb : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• box_nupdate : PLMD::isdb::CS2Backbone
• box_size : PLMD::molfile::trx_hdr, PLMD::xdrfile::t_trnheader
• BoxABG : PLMD::PDB
• boxDerivatives : PLMD::ActionWithVirtualAtom, PLMD::vatom::ActionWithVirtualAtom
• boxfile : PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• boxHasBeenSet : PLMD::Atoms
• boxout : PLMD::multicolvar::VolumeCavity, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• boxWasSet() : PLMD::Atoms, PLMD::ReferenceValuePack
• BoxXYZ : PLMD::PDB
• bracket() : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >, PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• bracketed : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >, PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• Brent1DRootSearch() : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >
• Bridge() : PLMD::multicolvar::Bridge
• BridgedMultiColvarFunction() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• bridgeVariable : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• BridgeVessel : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel, PLMD::vesselbase::BridgeVessel
• bringBackInPbc() : PLMD::ActionWithArguments, PLMD::Value
• buf1 : PLMD::xdrfile::XDRFILE
• buf1size : PLMD::xdrfile::XDRFILE
• buf2 : PLMD::xdrfile::XDRFILE
• buf2size : PLMD::xdrfile::XDRFILE
• buffer : PLMD::GREX, PLMD::OFile, PLMD::TypesafePtr, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• buffer_string : PLMD::OFile
• buffersize : PLMD::Tools::DirectoryChanger
• buflen : PLMD::OFile
• bufsize : PLMD::vesselbase::Vessel
• bufstart : PLMD::vesselbase::Vessel
• buildCellLists() : PLMD::LinkCells
• buildDataStashes() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• buildProgram() : PLMD::lepton::ExpressionProgram
• buildSets() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• buildShifts() : PLMD::Pbc
• buildsWeightStore() : PLMD::bias::ReweightBase, PLMD::bias::ReweightWham
• bw : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• bx : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >, PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >